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- PDB-1qo7: Structure of Aspergillus niger epoxide hydrolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qo7
タイトルStructure of Aspergillus niger epoxide hydrolase
要素EPOXIDE HYDROLASE
キーワードHYDROLASE / EPOXIDE HYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


epoxide hydrolase / epoxide metabolic process / epoxide hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Epoxide hydrolase, N-terminal / Epoxide hydrolase N terminus / Epoxide hydrolase / Epoxide hydrolase-like / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ASPERGILLUS NIGER (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zou, J.-Y. / Hallberg, B.M. / Bergfors, T. / Oesch, F. / Arand, M. / Mowbray, S.L. / Jones, T.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: Structure of Aspergillus Niger Epoxide Hydrolase at 1.8A Resolution: Implications for the Structure and Function of the Mammalian Microsomal Class of Epoxide Hydrolases
著者: Zou, J.-Y. / Hallberg, B.M. / Bergfors, T. / Oesch, F. / Arand, M. / Mowbray, S.L. / Jones, T.A.
履歴
登録1999年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EPOXIDE HYDROLASE
B: EPOXIDE HYDROLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2482
ポリマ－88,2482
非ポリマー00
水6,738374
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-35.6 kcal/mol
Surface area35200 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.690, 89.320, 75.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999, -0.043, -0.022), (-0.048, 0.927, 0.373), (0.005, 0.374, -0.928)
ベクター: 58.829, -23.393, 127.74)
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 1 COPY OF A HOMO-DIMERIC-COMPLEXOF BIOPOLYMERS

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要素

#1: タンパク質 EPOXIDE HYDROLASE / EH


分子量: 44124.180 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 3-396 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS NIGER (黒麹菌) / 株: LCP521 / 組織: MYCELIUM
解説: MUSEUM OF NATURAL HISTORY, PARIS, FRANCE. MODIFIED N-TERMINUS
細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PGEF-ANEH336 / 遺伝子 (発現宿主): AJ238460 (EMBL DATABASE ENTRY) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UR30, epoxide hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 6 / 詳細: 20% PEG6000, 0.1M MES BUFFER PH 6.0, 0.1M NAAC.
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
117 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
31 mMEDTA1drop
420 mM1dropNaCl
50.02 %sodium azide1drop
620 %PEG60001reservoir
70.1 MMES1reservoir
80.1 Munbuffered sodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.937
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→38.3 Å / Num. obs: 74416 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 263931
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.5位相決定
SOLVE位相決定
CNS0.5精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1636344.02 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1524 2.1 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 74309 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.2403 Å2 / ksol: 0.355619 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20 Å2-0.77 Å2
2--3.23 Å20 Å2
3----4.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.24 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6128 0 0 374 6502
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.582
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.952.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 268 2.2 %
Rwork0.251 11975 -
obs--99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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