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- PDB-1qmd: calcium bound closed form alpha-toxin from Clostridium perfringens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qmd
タイトルcalcium bound closed form alpha-toxin from Clostridium perfringens
要素PHOSPHOLIPASE C
キーワードHYDROLASE / ZINC PHOSPHOLIPASE C / GANGRENE DETERMINANT / C2 DOMAIN / CA AND MEMBRANE BINDING.
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase C activity / phospholipase C / phosphatidylcholine phospholipase C activity / hemolysis in another organism / toxin activity / hydrolase activity / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Zinc-dependent phospholipase C / Phospholipase C/D / Zinc dependent phospholipase C / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C signature. / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C domain profile. / Zinc dependent phospholipase C (alpha toxin) / P1 Nuclease / P1 Nuclease / Phospholipase C/P1 nuclease domain superfamily / PLAT/LH2 domain ...Zinc-dependent phospholipase C / Phospholipase C/D / Zinc dependent phospholipase C / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C signature. / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C domain profile. / Zinc dependent phospholipase C (alpha toxin) / P1 Nuclease / P1 Nuclease / Phospholipase C/P1 nuclease domain superfamily / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase-1 / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipase C / Phospholipase C
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Naylor, C.E. / Miller, J. / Titball, R.W. / Basak, A.K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Characterisation of the Calcium-Binding C-Terminal Domain of Clostridium Perfringens Alpha-Toxin
著者: Naylor, C.E. / Jepson, M. / Crane, D.T. / Titball, R.W. / Miller, J. / Basak, A.K. / Bolgiano, B.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure of the Key Toxin in Gas-Gangrene
著者: Naylor, C.E. / Eaton, J.T. / Howells, A. / Justin, N. / Moss, D.S. / Titball, R.W. / Basak, A.K.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallisation and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Alpha-Toxin from Two Different Strains (Nctc-8237 and Cer89L43) of Clostridium Perfringens
著者: Basak, A.K. / Howells, A. / Eaton, J.T. / Moss, D.S. / Naylor, C. / Miller, J. / Titball, R.W.
履歴
登録1999年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE C
B: PHOSPHOLIPASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,65812
ポリマ－85,1562
非ポリマー50210
水5,639313
1
A: PHOSPHOLIPASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8296
ポリマ－42,5781
非ポリマー2515
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PHOSPHOLIPASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8296
ポリマ－42,5781
非ポリマー2515
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)149.890, 149.890, 192.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99858, -0.05276, -0.00747), (-0.05275, -0.99861, 0.00159), (-0.00754, -0.0012, -0.99997)
ベクター: 5.33481, 172.99655, 160.89508)

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE C / PLC / PHOSPHATIDYLCHOLINE / ALPHA-TOXIN / HEMOLYSIN / CHOLINEPHOSPHOHYDROLASE / LECITHINASE


分子量: 42577.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
株: NCTC8237 / プラスミド: PUC18 / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASMIC / 遺伝子 (発現宿主): CPA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: P15310, UniProt: Q0TV31*PLUS, phospholipase C
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細27 RESIDUES AT START OF SEQUENCE ARE A SIGNAL PEPTIDE NOT PRESENT IN MATURE, ACTIVE FOLDED PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED BY HANGING DROP FROM 1.8-2.0 M NACL IN 0.1 M NA ACETATE, PH 4.7 OR 4.8
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.8 M1reservoirNaCl
2100 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GE(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 42803 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 92.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 134096
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.4 % / Num. unique obs: 5854 / Num. measured obs: 16154

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS0.9位相決定
X-PLOR位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CALCIUM-FREE, CLOSED ALPHA-TOXIN PDB CODE: 1QM6

1qm6


解像度: 2.2→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 6850999.89 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: XPLOR AND REFMAC ALSO USED IN EARLIER STAGES OF REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 2115 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 41734 98.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.2 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.66 Å2-1.87 Å20 Å2
2---4.66 Å20 Å2
3---9.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6012 0 10 313 6335
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.531.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.442
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.792.5
Refine LS restraints NCSRms dev position: 0.13 Å / Weight position: 200
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 368 5.4 %
Rwork0.214 6471 -
obs--98.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLPARAM19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.IONPARAM19.ION
X-RAY DIFFRACTION4PARAM_ALPHA_SUBMISSION.CDTOP_ALPHA_SUBMISSION.CD
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.183 / Rfactor Rfree: 0.257
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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