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- PDB-1ql9: FACTOR XA SPECIFIC INHIBITOR IN COMPLEX WITH RAT TRYPSIN MUTANT X99RT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ql9
タイトルFACTOR XA SPECIFIC INHIBITOR IN COMPLEX WITH RAT TRYPSIN MUTANT X99RT
要素TRYPSIN
キーワードHYDROLASE / SERINE PROTEASE / SERINE PROTEINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Antimicrobial peptides / Alpha-defensins / Activation of Matrix Metalloproteinases / Neutrophil degranulation / collagen catabolic process / trypsin / digestion / response to nutrient / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding ...Antimicrobial peptides / Alpha-defensins / Activation of Matrix Metalloproteinases / Neutrophil degranulation / collagen catabolic process / trypsin / digestion / response to nutrient / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZEN / Anionic trypsin-2
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Stubbs, M.T.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Reconstructing the Binding Site of Factor Xa in Trypsin Reveals Ligand-Induced Structural Plasticity
著者: Reyda, S. / Sohn, C. / Klebe, G. / Rall, K. / Ullmann, D. / Jakubke, H.D. / Stubbs, M.T.
#1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1998
タイトル: Structural and Functional Analyses of Benzamidine-Based Inhibitors in Complex with Trypsin: Implications for the Inhibition of Factor Xa, Tpa, and Urokinase
著者: Renatus, M. / Bode, W. / Huber, R. / Stuerzebecher, J. / Stubbs, M.T.
#2: ジャーナル: Curr.Pharm.Des. / 年: 1996
タイトル: Structural Aspects of Factor Xa Inhibition
著者: Stubbs, M.T.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: Crystal Structures of Factor Xa Specific Inhibitors in Complex with Trypsin: Structural Grounds for Inhibition of Factor Xa and Selectivity Against Thrombin
著者: Stubbs, M.T. / Huber, R. / Bode, W.
履歴
登録1999年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5004
ポリマ－23,8651
非ポリマー6353
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.140, 124.140, 124.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 TRYPSIN / TRYPSINOGEN / BETA-TRYPSIN


分子量: 23864.787 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: VARIANT X99RT\: RAT TRYPSIN CONTAINING THE "99"-LOOP OF FACTOR XA
由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 器官: PANCREAS / プラスミド: PYT / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P00763, trypsin
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ZEN / [4-(6-CHLORO-NAPHTHALENE-2-SULFONYL)-PIPERAZIN-1-YL]- (3,4,5,6-TETRAHYDRO-2H-[1,4']BIPYRIDINYL-4-YL)- METHANONE / (1-ピリジン-4-イルピペリジン-4-イル)[4-(6-クロロナフタレン-2-イルスルホニル)ピペラジノ]ケトン


分子量: 499.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H27ClN4O3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE 223 AMINO ACIDS OF RAT TRYPSIN ARE IDENTIFIED BY THE RESIDUE NUMBERS OF THE HOMOLOGOUS ...THE 223 AMINO ACIDS OF RAT TRYPSIN ARE IDENTIFIED BY THE RESIDUE NUMBERS OF THE HOMOLOGOUS CHYMOTRYPSINOGEN. THE BINDING MODE OF THE INHIBITOR IS NOT AS EXPECTED: THE CHLORINATED NAPHTHALENE MOIETY REACHES DEEP INTO THE PRIMARY SPECIFICITY POCKET, WHERE THE BURIED WATER MOLECULE W416 IS DISPLACED BY THE CHLORINE ATOM (COMPARE WITH DAIICHI STRUCTURE 1MTW.PDB). CONCOMMITANT WITH THIS, (I) THE HYDROXYL FUNCTION OF SER190 (ALA IN FXA) ROTATES AWAY FROM THE INHIBITOR (II) A NEW WATER MOLECULE (PROVOCATIVELY LABELLED W416) APPEARS, COORDINATED BY ASP189OD2, GLY219O, ASN224O, AND W329 (W415) (III) THE PEPTIDE BOND SER217-GLY219 FLIPS (MAYBE TO ALLOW CLOSER APPROACH OF GLY219O TO W216) (IV) THE SIDE CHAIN OF TYR217 FLIPS UP TO FORM ONE SIDE OF A NOVEL "HYDROPHOBIC BOX", MIMICKING THE FACTOR XA STRUCTURE (ALTHOUGH WITH A DIFFERENT APPROACH TO PHE174) THE PIPERIDINYLPYRIDINE MOITIES OCCUPY LOCATIONS STRONGLY REMINISCENT OF THE DX9065A:TRYPSIN COMPLEXES (CF 1MTS.PDB, 1MTU.PDB, 1MTV.PDB); THE WEAKLY BASIC PYRIDINE WOULD OCCUPY THE "CATION HOLE" OF FACTOR XA THE SAME INHIBITOR HAS ALSO BEEN CRYSTALLIZED (A) WITH BOVINE TRYPSIN AT PH 8 (SEE PDB FILE EBI-2917), WHICH SHOWS SIMILAR STRUCTURAL REARRANGEMENTS, AND (B) WITH BOVINE TRYPSIN AT PH7, WHERE IT BINDS IN THE REVERSE DIRECTION (SEE PDB FILE EBI-2919)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.18 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 25MM TRIS PH7, 10MM CACL2, 40% MGSO4, pH 7.00
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: a single crystal was soaked
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
113.5 mg/mlprotein11
2100 mMbenzamidine11
325 mMTris-HCl11
410 mM11CaCl2
540 %11MgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→100 Å / Num. obs: 16310 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.456 / Rsym value: 0.456 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 57863 / Rmerge(I) obs: 0.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.3→10 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.189 --
obs0.189 14100 99.9 %
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1670 0 40 70 1780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.69
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.21
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.263 714 -
obs--99.9 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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