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- PDB-1qk5: TOXOPLASMA GONDII HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qk5
タイトルTOXOPLASMA GONDII HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE WITH XMP, PYROPHOSPHATE AND TWO MG2+ IONS
要素HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / PURINE SALVAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


xanthine phosphoribosyltransferase / XMP salvage / xanthine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding ...xanthine phosphoribosyltransferase / XMP salvage / xanthine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hypoxanthine phosphoribosyl transferase / : / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE 2- / XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Heroux, A. / White, E.L. / Ross, L.J. / Davis, R.L. / Borhani, D.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of Toxoplasma Gondii Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase with Xmp, Pyrophosphate and Two Mg2+ Ions Bound: Insights Into the Catalytic Mechanism
著者: Heroux, A. / White, E.L. / Ross, L.J. / Davis, R.L. / Borhani, D.W.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Crystal Structures of the Toxoplasma Gondii Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase Gmp and Imp Complexes: Comparison of Purine Binding Interactions with the Xmp Complex
著者: Heroux, A. / White, E.L. / Ross, L.J. / Borhani, D.W.
#2: ジャーナル: Gene / 年: 1994
タイトル: Isolation and Sequencing of a Cdna Encoding the Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase from Toxoplasma Gondii
著者: Vasanthakumar, G. / Van Ginkel, S. / Parish, G.
履歴
登録1999年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
B: HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,50310
ポリマ－53,3232
非ポリマー1,1808
水3,279182
1
A: HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
B: HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
B: HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,00520
ポリマ－106,6464
非ポリマー2,35916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area11590 Å2
ΔGint-73.9 kcal/mol
Surface area38570 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.208, 112.255, 144.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.951065, 0.000778, -0.308991), (-0.001881, -0.999993, 0.003272), (-0.308986, 0.003693, 0.951059)
ベクター: 65.0005, 51.2194, 10.2374)
詳細THE BIOMOLECULE CONSISTS OF A HOMO- TETRAMERIC COMPLEXOF BIOPOLYMERSSUBUNITS C AND D OF THE HGPRT HOMOTETRAMER ARE GENERATEDBY ROTATION OF SUBUNITS A AND B ABOUT THECRYSTALLOGRAPHIC 2- FOLD AXIS PARALLEL TO B.

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要素

#1: タンパク質 HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / HGPRTASE


分子量: 26661.492 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)
株: RH / プラスミド: PETC1-D150A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q26997, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-XMP / XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 5-MONOPHOSPHATE-9-BETA-D-RIBOFURANOSYL XANTHINE


分子量: 365.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 100 MM TRIS.CL (PH 8.5), 200 MM LI2SO4, 0.25 % BETA-OCTYLGLUCOPYRANOSIDE. THE CRYSTAL WAS GROWN IN THE PRESENCE OF 1 MM XANTHINE, 1 MM PRPP AND 10 MM MGCL2 AT 277 K.
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
PH range low: 6 / PH range high: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110-20 mg/mlprotein1drop
21 mMIMP1drop
315-20 %PEG80001reservoir
4100 mMpotassium phosphate1reservoir
50.25 %octyl-beta-D-glucopyranoside1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: PRINCETON SCIENTIFIC INSTRUMENTS 2K CCD / 検出器: CCD / 日付: 1998年2月15日 / 詳細: PT-COATED MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→13 Å / Num. obs: 58200 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 24.14 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.373 / % possible all: 93.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 245248 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.9 % / Rmerge(I) obs: 0.373

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QK3, SUBUNIT A, WITHOUT LOOPS, WATERS, OR GMP

1qk3


解像度: 1.6→13 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11647 / ESU R Free: 0.11121
詳細: NO RESTRAINTS WERE IMPOSED ON THE ATOMS OF THE PYROPHOSPHATE GROUPS OR MAGNESIUM CATIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26099 2953 5 %RANDOM
Rwork0.23351 ---
obs-55139 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3472 0 70 182 3724
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.040.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0380.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.7092
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.4663
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.2822
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.533
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1470.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.234
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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