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万見
- PDB-1qjs: mammalian blood serum haemopexin glycosylated-native protein and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qjs
タイトルmammalian blood serum haemopexin glycosylated-native protein and in complex with its ligand haem
要素HEMOPEXIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HAEM BINDING PROTEIN / BETA PROPELLER / HAEM BINDING AND TRANSPORT / IRON METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


heme transmembrane transporter activity / intracellular iron ion homeostasis / heme binding / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemopexin / : / 4 Propeller / Hemopexin / Hemopexin-like domain / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily ...Hemopexin / : / 4 Propeller / Hemopexin / Hemopexin-like domain / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHOSPHATE ION / Hemopexin
類似検索 - 構成要素
生物種ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
手法X線回折 / 単一同系置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Paoli, M. / Baker, H.M. / Morgan, W.T. / Smith, A. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of Hemopexin Reveals a Novel High-Affinity Heme Site Formed between Two Beta-Propeller Domains.
著者: Paoli, M. / Anderson, B.F. / Baker, H.M. / Morgan, W.T. / Smith, A. / Baker, E.N.
履歴
登録1999年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOPEXIN
B: HEMOPEXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,41318
ポリマ－103,6652
非ポリマー1,74916
水00
1
A: HEMOPEXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7079
ポリマ－51,8321
非ポリマー8748
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: HEMOPEXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7079
ポリマ－51,8321
非ポリマー8748
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)103.900, 69.900, 151.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.43434, -0.90066, 0.01304), (-0.9007, -0.43411, 0.01709), (-0.00973, -0.01917, -0.99977)
ベクター: 36.94379, -0.02645, 74.34145)

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要素

#1: タンパク質 HEMOPEXIN


分子量: 51832.293 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA-PROPELLER DOMAIN, HAEM LIGAND / 由来タイプ: 天然
詳細: COVALENT LINK BETWEEN FE OF HAEM LIGAND AND (I) NE2 OF HIS 213 AND (II) NE2 OF HIS 266
由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 組織: BLOOD SERUM / 参照: UniProt: P20058
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
構成要素の詳細THIS ENTRY ACCOMPANIES PDB ENTRY 1QHU, WHICH IS FOR DEGLYCOSYLATED HAEMOPEXIN. THE CRYSTALS WERE ...THIS ENTRY ACCOMPANIES PDB ENTRY 1QHU, WHICH IS FOR DEGLYCOSYLATED HAEMOPEXIN. THE CRYSTALS WERE PREPARED WITH THE WILD TYPE PROTEIN IN ITS NATIVE GLYCOSYLATED STATE.
Has protein modificationY
配列の詳細THE N-TERMINUS (-25 TO 24 IN PDB NUMBERING, 1 TO 48 IN SWS) IS DISORDERED IN THE ELECTRON DENSITY ...THE N-TERMINUS (-25 TO 24 IN PDB NUMBERING, 1 TO 48 IN SWS) IS DISORDERED IN THE ELECTRON DENSITY MAPS. THE NUMERING OF RESIDUES IS SUCH THAT IT IS CONSISTENT WITH THE RESIDUE NUMERING IN PDB ENTRY 1HXN FOR THE C-TERMINAL DOMAIN STRUCTURE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: HANGING DROP, 4 DEGREES CENTIGRADE. RESEVOIR SOLUTION: 15-22% PEG 6000, 0.1-0.2 M TRIS HCL PH 7.9, 0.05-0.1 M EDTA, 0.05-0.2 NACL, PROTEIN COMPLEX SOLUTION: 65 MG/ML IN 0.01 M TRIS PH 7.9, 0.01 M NACL, 0.1 M EDTA
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
165 mg/mlprotein1drop
20.01 MTris-HCl1drop
30.01 MEDTA1drop
40.01 M1dropNaCl
515-22 %(w/v)PEG60001reservoir
60.1-0.2 MTris-HCl1reservoir
70.05-0.1 MEDTA1reservoir
80.05-0.2 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月15日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 20915 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.9→3.05 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.251 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 87.5
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
Agrovataデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
AMoRE位相決定
MAMA位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換
開始モデル: 1HXN AND 1FBL

1hxn

1fbl


解像度: 2.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.5
詳細: ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES ARG 214, SER 215, HIS 223 AND C-TERMINAL HIS 435 IS POORLY DEFINED. FOR BOTH CHAINS A AND B RESIDUES 219 - 222 COULD NOT BE FITTED INTO THE ELECTRON DENSITY MAPS ...詳細: ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES ARG 214, SER 215, HIS 223 AND C-TERMINAL HIS 435 IS POORLY DEFINED. FOR BOTH CHAINS A AND B RESIDUES 219 - 222 COULD NOT BE FITTED INTO THE ELECTRON DENSITY MAPS AND ARE NOT INCLUDED IN THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.312 101 5 %RANDOM
Rwork0.255 ---
obs0.251 20915 97.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6578 0 108 0 6686
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0410.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1930.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2350.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor15.120
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor23.530
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor29.550
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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