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万見
- PDB-1qhu: MAMMALIAN BLOOD SERUM HAEMOPEXIN DEGLYCOSYLATED AND IN COMPLEX WI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qhu
タイトルMAMMALIAN BLOOD SERUM HAEMOPEXIN DEGLYCOSYLATED AND IN COMPLEX WITH ITS LIGAND HAEM
要素PROTEIN (HEMOPEXIN)
キーワードBINDING PROTEIN / BETA PROPELLER / HAEM BINDING AND TRANSPORT / IRON METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


heme transmembrane transporter activity / intracellular iron ion homeostasis / heme binding / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemopexin / : / 4 Propeller / Hemopexin / Hemopexin-like domain / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily ...Hemopexin / : / 4 Propeller / Hemopexin / Hemopexin-like domain / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHOSPHATE ION / Hemopexin
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Paoli, M. / Baker, H.M. / Morgan, W.T. / Smith, A. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of hemopexin reveals a novel high-affinity heme site formed between two beta-propeller domains.
著者: Paoli, M. / Anderson, B.F. / Baker, H.M. / Morgan, W.T. / Smith, A. / Baker, E.N.
履歴
登録1999年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (HEMOPEXIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7079
ポリマ－51,8321
非ポリマー8748
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.680, 61.950, 83.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PROTEIN (HEMOPEXIN)


分子量: 51832.293 Da / 分子数: 1 / 断片: BETA-PROPELLER DOMAIN / 由来タイプ: 天然
詳細: COVALENT LINK BETWEEN FE OF HAEM LIGAND AND I) NE2 OF HIS 213 AND II) NE2 OF HIS 265
由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: BLOOD SERUM / 参照: UniProt: P20058

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非ポリマー , 5種, 218分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細PROTEIN WAS DEGLYSOSYLATED PRIOR TO CRYSTALLISATION
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細LIGAND COMPLEXED TO HAEMOPEXIN ION BOUND IN THE CENTRAL TUNNEL OF THE C-TERMINAL DOMAIN IONS BOUND ...LIGAND COMPLEXED TO HAEMOPEXIN ION BOUND IN THE CENTRAL TUNNEL OF THE C-TERMINAL DOMAIN IONS BOUND IN THE CENTRAL TUNNEL ION BOUND IN THE CENTRAL TUNNEL
配列の詳細N-TERMINUS IS DISORDERED IN ELECTRON DENSITY MAPS NUMERING OF RESIDUES IS SUCH THAT IT IS ...N-TERMINUS IS DISORDERED IN ELECTRON DENSITY MAPS NUMERING OF RESIDUES IS SUCH THAT IT IS CONSISTENT WITH THE RESIDUE NUMERING IN PDB ENTRY PDB1HXN.ENT FOR THE C-TERMINAL DOMAIN STRUCTURE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化pH: 7.5
詳細: HANGING DROP, 4 DEGREES CENTIGRADES, RESEVOIR SOLUTION: 19-22% PEG 4000, 0.05 M TRIS HCL PH 7.5, 0.05-0.5 M EDTA, 0.2 NACL PROTEIN COMPLEX SOLUTION: 40 MG/ ML IN 0.05 M TRIS PH 7.0 AND 0.2 M NACL
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
119-22 %(w/v)PEG40001reservoir
20.05 MTris-HCl1reservoir
30.05-0.5 MEDTA1reservoir
40.2 M1reservoirNaCl
540 mg/mlprotain1drop
60.05 MTris-HCl1drop
70.2 M1dropNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: CYCLINDRICALLY BENT TRIANGULAR SI(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 19233 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 77
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.09
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
CCP4AGROVATA-ROTAVATAデータ削減
AMoRE位相決定
MAMAモデル構築
MAVEモデル構築
REFMAC精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
MAMA位相決定
MAVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HXN AND 1FBL

1hxn

1fbl


解像度: 2.3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.5 / ESU R: 1.29 / ESU R Free: 0.33
詳細: ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES ARG 214, SER 215 AND HIS 222 IS POORLY DEFINED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 951 5 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.201 19233 94.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3199 0 54 210 3463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0320.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.0941.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.8392
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.6972
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.5062.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1830.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2110.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor17.720
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor23.830
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor2750
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2.5 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 35 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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