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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qhu | ||||||
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タイトル | MAMMALIAN BLOOD SERUM HAEMOPEXIN DEGLYCOSYLATED AND IN COMPLEX WITH ITS LIGAND HAEM | ||||||
![]() | PROTEIN (HEMOPEXIN) | ||||||
![]() | BINDING PROTEIN / BETA PROPELLER / HAEM BINDING AND TRANSPORT / IRON METABOLISM | ||||||
機能・相同性 | ![]() heme transmembrane transporter activity / intracellular iron ion homeostasis / heme binding / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Paoli, M. / Baker, H.M. / Morgan, W.T. / Smith, A. / Baker, E.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of hemopexin reveals a novel high-affinity heme site formed between two beta-propeller domains. 著者: Paoli, M. / Anderson, B.F. / Baker, H.M. / Morgan, W.T. / Smith, A. / Baker, E.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 484.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 505.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 51832.293 Da / 分子数: 1 / 断片: BETA-PROPELLER DOMAIN / 由来タイプ: 天然 詳細: COVALENT LINK BETWEEN FE OF HAEM LIGAND AND I) NE2 OF HIS 213 AND II) NE2 OF HIS 265 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 218分子 








#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #5: 化合物 | ChemComp-HEM / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | PROTEIN WAS DEGLYSOSYLHas protein modification | Y | 非ポリマーの詳細 | LIGAND COMPLEXED TO HAEMOPEXIN ION BOUND IN THE CENTRAL TUNNEL OF THE C-TERMINAL DOMAIN IONS BOUND ...LIGAND COMPLEXED TO HAEMOPEXIN | 配列の詳細 | N-TERMINUS IS DISORDERED IN ELECTRON DENSITY MAPS NUMERING OF RESIDUES IS SUCH THAT IT IS ...N-TERMINUS IS DISORDERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: HANGING DROP, 4 DEGREES CENTIGRADES, RESEVOIR SOLUTION: 19-22% PEG 4000, 0.05 M TRIS HCL PH 7.5, 0.05-0.5 M EDTA, 0.2 NACL PROTEIN COMPLEX SOLUTION: 40 MG/ ML IN 0.05 M TRIS PH 7.0 AND 0.2 M NACL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: CYCLINDRICALLY BENT TRIANGULAR SI(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 19233 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 77 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.09 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 77 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1HXN AND 1FBL 解像度: 2.3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.5 / ESU R: 1.29 / ESU R Free: 0.33 詳細: ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES ARG 214, SER 215 AND HIS 222 IS POORLY DEFINED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2.5 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 35 Å2 |