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- PDB-1qj4: HYDROXYNITRILE-LYASE FROM HEVEA BRASILIENSIS AT ATOMIC RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qj4
タイトルHYDROXYNITRILE-LYASE FROM HEVEA BRASILIENSIS AT ATOMIC RESOLUTION
要素HYDROXYNITRILE LYASE
キーワードLYASE / OXYNITRILASE / CYANOGENESIS / CYANHYDRIN FORMATION
機能・相同性
機能・相同性情報


aliphatic (S)-hydroxynitrile lyase activity / aromatic (S)-hydroxynitrile lyase activity / (S)-hydroxynitrile lyase / jasmonic acid metabolic process / methyl salicylate esterase activity / methyl indole-3-acetate esterase activity / methyl jasmonate esterase activity / salicylic acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Methylesterase/Alpha-hydroxynitrile lyase / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(S)-hydroxynitrile lyase
類似検索 - 構成要素
生物種HEVEA BRASILIENSIS (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Gugganig, M. / Gruber, K. / Kratky, C.
引用
ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Atomic Resolution Crystal Structure of Hydroxynitrile Lyase from Hevea Brasiliensis
著者: Gruber, K. / Gugganig, M. / Wagner, U.G. / Kratky, C.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Three-Dimensional Structures of Enzyme-Substrate Complexes of the Hydroxynitrile Lyase from Hevea Brasiliensis
著者: Zuegg, J. / Gruber, K. / Gugganig, M. / Wagner, U.G. / Kratky, C.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Mechanism of Cyanogenesis: The Crystal Structure of Hydroxynitrile Lyase from Hevea Brasiliensis
著者: Wagner, U.G. / Hasslacher, M. / Griengl, H. / Schwab, H. / Kratky, C.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Crystallization of a Hydroxynitrile Lyase
著者: Wagner, U.G. / Schall, M. / Hayn, M. / Hasslacher, M. / Schwab, H. / Griengl, H.S. / Kratky, C.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Molecular Cloning of the Full-Length Cdna of (S)-Hydroxynitrile Lyase from Hevea Brasiliensis. Functional Expression in Escherichia Coli and Saccharomyces Cerevisiae and Identification ...タイトル: Molecular Cloning of the Full-Length Cdna of (S)-Hydroxynitrile Lyase from Hevea Brasiliensis. Functional Expression in Escherichia Coli and Saccharomyces Cerevisiae and Identification of an Active Site Residue
著者: Hasslacher, M. / Schall, M. / Hayn, M. / Griengl, H. / Kohlwein, S.D. / Schwab, H.
履歴
登録1999年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: DSSP
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYDROXYNITRILE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7396
ポリマ－29,2631
非ポリマー4765
水9,908550
1
A: HYDROXYNITRILE LYASE
ヘテロ分子

A: HYDROXYNITRILE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,47812
ポリマ－58,5252
非ポリマー95310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-16.2 kcal/mol
Surface area23800 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)47.287, 106.655, 128.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2138-

HOH

21A-2142-

HOH

31A-2230-

HOH

41A-2398-

HOH

51A-2462-

HOH

61A-2468-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HYDROXYNITRILE LYASE / OXYNITRILE LYASE


分子量: 29262.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HEVEA BRASILIENSIS (植物) / 遺伝子: HNL / 器官: LEAF / プラスミド: BHIL-D2 / 遺伝子 (発現宿主): HNL / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: P52704, EC: 4.1.2.39
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化pH: 7.4
詳細: 0.1 M NATRIUM HEPES BUFFER PH=7.4 2 % PEG 400, 2.0 M AMMONIUM SULFATE, ROOM-TEMP., pH 7.40

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8345
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8345 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 123339 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.1→1.11 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.364 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7YAS

7yas


解像度: 1.1→50 Å / Num. parameters: 24572 / Num. restraintsaints: 43482 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 0.043. RESIDUE SER-A80 IS OBSERVED IN A RAMACHANDRAN 'FORBIDDEN' REGION. THIS CONFORMATION IS FOUND IN ALL PREVIOUS HNL-STRUCTURES. ...詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 0.043. RESIDUE SER-A80 IS OBSERVED IN A RAMACHANDRAN 'FORBIDDEN' REGION. THIS CONFORMATION IS FOUND IN ALL PREVIOUS HNL-STRUCTURES. STRUCTURES OF OTHER MEMBERS OF THE ALPHA/BETA HYDROLASES FAMILY ALSO CONSISTENTLY SHOW THE EQUIVALENT RESIDUE (NUCLEOPHILE) IN SUCH A CONFORMATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1437 6192 5 %RANDOM
all0.1158 123339 --
obs0.1149 -94.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 25 / Occupancy sum hydrogen: 2053 / Occupancy sum non hydrogen: 2629.75
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2056 0 26 550 2632
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0281
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.086
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.095
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.109
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.059

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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