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- PDB-1qhq: AURACYANIN, A BLUE COPPER PROTEIN FROM THE GREEN THERMOPHILIC PHO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qhq
タイトルAURACYANIN, A BLUE COPPER PROTEIN FROM THE GREEN THERMOPHILIC PHOTOSYNTHETIC BACTERIUM CHLOROFLEXUS AURANTIACUS
要素PROTEIN (AURACYANIN)
キーワードELECTRON TRANSFER / CUPREDOXIN / BLUE COPPER PROTEIN / AZURIN-LIKE / THERMOPHILE
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity / electron transfer activity / copper ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Auracyanin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aurantiacus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Bond, C.S. / Blankenship, R.E. / Freeman, H.C. / Guss, J.M. / Maher, M. / Selvaraj, F. / Wilce, M.C.J. / Willingham, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of auracyanin, a "blue" copper protein from the green thermophilic photosynthetic bacterium Chloroflexus aurantiacus.
著者: Bond, C.S. / Blankenship, R.E. / Freeman, H.C. / Guss, J.M. / Maher, M.J. / Selvaraj, F.M. / Wilce, M.C. / Willingham, K.M.
履歴
登録1999年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (AURACYANIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7025
ポリマ－14,4111
非ポリマー2914
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: PROTEIN (AURACYANIN)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (AURACYANIN)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (AURACYANIN)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (AURACYANIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,80820
ポリマ－57,6444
非ポリマー1,16516
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-2/31
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-2/31
Buried area4770 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area21310 Å2
手法PISA
3
A: PROTEIN (AURACYANIN)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (AURACYANIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,40410
ポリマ－28,8222
非ポリマー5828
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/31
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)115.739, 115.739, 54.549
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-142-

CL

21A-143-

SO4

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (AURACYANIN)


分子量: 14410.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GREEN GLIDING THERMOPHILIC PHOTOSYNTHETIC BACTERIUM / 由来: (天然) Chloroflexus aurantiacus (バクテリア) / 細胞内の位置: PERIPHERAL MEMBRANE PROTEIN / 参照: UniProt: P27197
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細SO4 S 143 LIES ON A SPECIAL POSITION AND THUS HAS 0.25 OCCUPANCY CL 142 LIES ON A TWO-FOLD AXIS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 7 / 詳細: HEPES PH 7.5, 2M LI2SO4, pH 7.0
結晶化
*PLUS
pH: 8.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16.5 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1drop
310 mM1dropNaCl
4100 mMHEPES1reservoir
52 M1reservoirLi2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.7817,1.3050,1.3779,1.3799,1.3876,1.5418
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 1997年9月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.78171
21.3051
31.37791
41.37991
51.38761
61.54181
反射解像度: 1.55→20 Å / Num. obs: 29884 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rsym value: 9.3 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 22.5 / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 538869 / Rmerge(I) obs: 0.093
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.3 % / Rmerge(I) obs: 0.225

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.55→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 927 3 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs-28390 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1011 0 12 247 1270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0250.03
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3 % / Rfactor obs: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20.5 Å2
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.285 / Rfactor obs: 0.267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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