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- PDB-1qh4: CRYSTAL STRUCTURE OF CHICKEN BRAIN-TYPE CREATINE KINASE AT 1.41 A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qh4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CHICKEN BRAIN-TYPE CREATINE KINASE AT 1.41 ANGSTROM RESOLUTION
要素CREATINE KINASE
キーワードTRANSFERASE / BRAIN-TYPE CREATINE KINASE / CANCER / CELLULAR ENERGY METABOLISM / GUANIDINO KINASE / NEURODEGENERATIVE DISORDERS
機能・相同性
機能・相同性情報


Creatine metabolism / RND3 GTPase cycle / extracellular membrane-bounded organelle / creatine kinase / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / ATP biosynthetic process / mitochondrion / extracellular space / ATP binding ...Creatine metabolism / RND3 GTPase cycle / extracellular membrane-bounded organelle / creatine kinase / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / ATP biosynthetic process / mitochondrion / extracellular space / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transferase Creatine Kinase; Chain A, domain 1 / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain superfamily / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / Phosphagen kinase N-terminal domain profile. / ATP:guanido phosphotransferase active site / Phosphagen kinase active site signature. / ATP:guanido phosphotransferase / ATP:guanido phosphotransferase, catalytic domain ...Transferase Creatine Kinase; Chain A, domain 1 / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain superfamily / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / Phosphagen kinase N-terminal domain profile. / ATP:guanido phosphotransferase active site / Phosphagen kinase active site signature. / ATP:guanido phosphotransferase / ATP:guanido phosphotransferase, catalytic domain / ATP:guanido phosphotransferase, C-terminal catalytic domain / Phosphagen kinase C-terminal domain profile. / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / Creatine Kinase; Chain A, domain 2 / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Creatine kinase B-type
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Eder, M. / Schlattner, U. / Becker, A. / Wallimann, T. / Kabsch, W. / Fritz-Wolf, K.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of brain-type creatine kinase at 1.41 A resolution.
著者: Eder, M. / Schlattner, U. / Becker, A. / Wallimann, T. / Kabsch, W. / Fritz-Wolf, K.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Transition State Structure of Arginine Kinase: Implications for Catalysis of Bimolecular Reactions
著者: Zhou, G. / Somasundaram, T. / Blanc, E. / Parthasarathy, G. / Ellington, W.R. / Chapman, M.S.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Structure of Mitochondrial Creatine Kinase.
著者: Fritz-Wolf, K. / Schnyder, T. / Wallimann, T. / Kabsch, W.
履歴
登録1999年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CREATINE KINASE
B: CREATINE KINASE
C: CREATINE KINASE
D: CREATINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,59211
ポリマ－171,1984
非ポリマー3947
水26,4281467
1
A: CREATINE KINASE
B: CREATINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7765
ポリマ－85,5992
非ポリマー1773
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area31080 Å2
手法PISA
2
C: CREATINE KINASE
D: CREATINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8166
ポリマ－85,5992
非ポリマー2174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area30640 Å2
手法PISA
3
C: CREATINE KINASE
D: CREATINE KINASE
ヘテロ分子

A: CREATINE KINASE
B: CREATINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,59211
ポリマ－171,1984
非ポリマー3947
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area10280 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area59730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.430, 175.990, 95.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
CREATINE KINASE / BB-CK / BRAIN-TYPE CREATINE KINASE


分子量: 42799.523 Da / 分子数: 4 / 断片: B CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: EMBL-NR. X03509 / 器官: BRAIN / プラスミド: PRF23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P05122, creatine kinase
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 0.4M CA(OAC)2, 15% PE 2MM DTT, PH 6.5, 8 MG/ML PROTEIN
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 48 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
225 mMMES1drop
33 mMdithiothreitol1drop
41 mM1dropNaN3
50.4 M1reservoirCa(OAc)2
615 %PEG80001reservoir
70.1 MMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.84
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月22日 / 詳細: BENT CRYSTAL
放射モノクロメーター: GE SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.84 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→38 Å / Num. obs: 301191 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.41→1.5 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 97.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.1 % / Num. unique obs: 49959

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL-97精密化
CNS精密化
SHELXL-97モデル構築
AMoRE位相決定
XDSV. 99データ削減
XDSV. 99データスケーリング
CNS位相決定
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CRK, MITOCHONDRIAL CREATINE KINASE

1crk


解像度: 1.41→6 Å / Num. parameters: 12204 / Num. restraintsaints: 14868 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: X-PLOR AND CNS WERE USED FOR INITIAL REFINEMENT. ANISOTROPIC REFINEMENT IN SHELX REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 2.6% DISORDERED RESIDUES 321 - 330 (CHAIN A-D) WERE MODELED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1881 14886 5.3 %RANDOM
all0.1365 282461 --
obs0.1338 -99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 15 / Occupancy sum hydrogen: 11644 / Occupancy sum non hydrogen: 13358
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12067 0 25 1467 13559
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.059
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.067
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.055
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.079
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 6 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor obs: 0.134 / Rfactor Rwork: 0.1338
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.059

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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