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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qh0 | ||||||
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タイトル | FERREDOXIN:NADP+ REDUCTASE MUTANT WITH LEU 76 MUTATED BY ASP AND LEU 78 MUTATED BY ASP | ||||||
![]() | PROTEIN (FERREDOXIN:NADP+ REDUCTASE) | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / NADP / FAD / FNR / NADP REDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / NADPH dehydrogenase activity / phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transport chain / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hermoso, J.A. / Mayoral, T. / Medina, M. / Martinez-Ripoll, M. / Martinez-Julvez, M. / Sanz-Aparicio, J. / Gomez-Moreno, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Role of a cluster of hydrophobic residues near the FAD cofactor in Anabaena PCC 7119 ferredoxin-NADP+ reductase for optimal complex formation and electron transfer to ferredoxin. 著者: Martinez-Julvez, M. / Nogues, I. / Faro, M. / Hurley, J.K. / Brodie, T.B. / Mayoral, T. / Sanz-Aparicio, J. / Hermoso, J.A. / Stankovich, M.T. / Medina, M. / Tollin, G. / Gomez-Moreno, C. #1: ![]() タイトル: X-ray structure of the ferredoxin:NADP+ reductase from the cyanobacterium Anabaena PCC 7119 at 1.8 A resolution, and crystallographic studies of NADP+ binding at 2.25 A resolution. 著者: Serre, L. / Vellieux, F.M. / Medina, M. / Gomez-Moreno, C. / Fontecilla-Camps, J.C. / Frey, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 86.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 474 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 477.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33206.566 Da / 分子数: 1 / 変異: L76D, L78D / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: pH 5.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1998年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.01 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→35.13 Å / Num. obs: 28625 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→2.04 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.181 / % possible all: 58 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 35.1 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 58 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1QUE 解像度: 1.93→7 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 8 /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rfree: 0.25 / Rfactor Rwork: 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.26 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor Rwork: 0.26 |