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万見
- PDB-1qgc: STRUCTURE OF THE COMPLEX OF A FAB FRAGMENT OF A NEUTRALIZING ANTI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qgc
タイトルSTRUCTURE OF THE COMPLEX OF A FAB FRAGMENT OF A NEUTRALIZING ANTIBODY WITH FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
要素
  • (PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN ...) x 2
  • (PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN ...) x 3
  • PROTEIN (GH-LOOP FROM VIRUS CAPSID PROTEIN VP1)
キーワードVirus/Immune system / VIRUS-ANTIBODY COMPLEX / Icosahedral virus / Virus-Immune system COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


L-peptidase / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / B cell differentiation / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / regulation of translation / channel activity ...L-peptidase / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / B cell differentiation / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / regulation of translation / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / extracellular region / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / : / Picornavirus coat protein ...Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / : / Picornavirus coat protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus - type C (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30 Å
データ登録者Fita, I.
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 1997
タイトル: Structure of the complex of an Fab fragment of a neutralizing antibody with foot-and-mouth disease virus: positioning of a highly mobile antigenic loop.
著者: E A Hewat / N Verdaguer / I Fita / W Blakemore / S Brookes / A King / J Newman / E Domingo / M G Mateu / D I Stuart /
要旨: Data from cryo-electron microscopy and X-ray crystallography have been combined to study the interactions of foot-and-mouth disease virus serotype C (FMDV-C) with a strongly neutralizing monoclonal ...Data from cryo-electron microscopy and X-ray crystallography have been combined to study the interactions of foot-and-mouth disease virus serotype C (FMDV-C) with a strongly neutralizing monoclonal antibody (mAb) SD6. The mAb SD6 binds to the long flexible GH-loop of viral protein 1 (VP1) which also binds to an integrin receptor. The structure of the virus-Fab complex was determined to 30 A resolution using cryo-electron microscopy and image analysis. The known structure of FMDV-C, and of the SD6 Fab co-crystallized with a synthetic peptide corresponding to the GH-loop of VP1, were fitted to the cryo-electron microscope density map. The SD6 Fab is seen to project almost radially from the viral surface in an orientation which is only compatible with monovalent binding of the mAb. Even taking into account the mAb hinge and elbow flexibility, it is not possible to model bivalent binding without severely distorting the Fabs. The bound GH-loop is essentially in what has previously been termed the 'up' position in the best fit Fab orientation. The SD6 Fab interacts almost exclusively with the GH-loop of VP1, making very few other contacts with the viral capsid. The position and orientation of the SD6 Fab bound to FMDV-C is in accord with previous immunogenic data.
履歴
登録1999年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年10月19日Group: Atomic model
改定 1.42015年1月14日Group: Structure summary
改定 1.52018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: em_image_scans / em_software / struct_ref_seq
Item: _em_software.image_processing_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.62019年4月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: struct_conn / struct_ref
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref.db_name
改定 1.72023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.82025年3月5日Group: Data processing / Structure summary
カテゴリ: em_3d_reconstruction / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_reconstruction.resolution

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN VP1)
2: PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN VP2)
3: PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN VP3)
4: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN)
A: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN)
5: PROTEIN (GH-LOOP FROM VIRUS CAPSID PROTEIN VP1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,9056
ポリマ－120,9056
非ポリマー00
水00
1
1: PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN VP1)
2: PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN VP2)
3: PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN VP3)
4: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN)
A: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN)
5: PROTEIN (GH-LOOP FROM VIRUS CAPSID PROTEIN VP1)
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,254,326360
ポリマ－7,254,326360
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN VP1)
2: PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN VP2)
3: PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN VP3)
4: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN)
A: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN)
5: PROTEIN (GH-LOOP FROM VIRUS CAPSID PROTEIN VP1)
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 605 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)604,52730
ポリマ－604,52730
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN VP1)
2: PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN VP2)
3: PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN VP3)
4: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN)
A: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN)
5: PROTEIN (GH-LOOP FROM VIRUS CAPSID PROTEIN VP1)
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 725 kDa, 36 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)725,43336
ポリマ－725,43336
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

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PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN ... , 3種, 3分子 123

#1: タンパク質 PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN VP1)


分子量: 22667.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus - type C (ウイルス)
属: Aphthovirus / 生物種: Foot-and-mouth disease virus / 株: SEROTYPE C / 参照: UniProt: Q9QCE2, UniProt: P03311*PLUS
#2: タンパク質 PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN VP2)


分子量: 24297.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus - type C (ウイルス)
属: Aphthovirus / 生物種: Foot-and-mouth disease virus / 株: SEROTYPE C / 参照: UniProt: Q9QCE2, UniProt: P03311*PLUS
#3: タンパク質 PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN VP3)


分子量: 24020.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus - type C (ウイルス)
属: Aphthovirus / 生物種: Foot-and-mouth disease virus / 株: SEROTYPE C / 参照: UniProt: P15072, UniProt: P03311*PLUS

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 5

#6: タンパク質・ペプチド PROTEIN (GH-LOOP FROM VIRUS CAPSID PROTEIN VP1)


分子量: 2463.722 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 133-156 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus - type C (ウイルス)
属: Aphthovirus / 生物種: Foot-and-mouth disease virus / 株: SEROTYPE C / 参照: UniProt: P03311*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 4A

#4: 抗体 PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN)


分子量: 24013.379 Da / 分子数: 1 / Fragment: FAB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#5: 抗体 PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN)


分子量: 23442.508 Da / 分子数: 1 / Fragment: FAB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: FAB FRAGMENT OF A NEUTRALIZING ANTIBODY WITH FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
タイプ: COMPLEX
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持Film material: HOLEY CARBON / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19.5-11.5 %satammonium sulfate1reservoir
210 mMdithiothreitol1reservoir

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 2000EXII
電子銃加速電圧: 100 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 30000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
1GAPモデルフィッティング
2X-PLORモデルフィッティング
3MRC３次元再構成MRC AND CTF CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 30 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
詳細: DETAILS--THE ATOMIC MODEL WAS GENERATED USING THE 3D MAP DETERMINED BY CRYO-ELECTRON MICROSCOPY. X-RAY ATOMIC STRUCTURES WERE AVAILABLE FOR THE INTACT PARTICLE OF FMDV-C AND THE SD6 FAB CO- ...詳細: DETAILS--THE ATOMIC MODEL WAS GENERATED USING THE 3D MAP DETERMINED BY CRYO-ELECTRON MICROSCOPY. X-RAY ATOMIC STRUCTURES WERE AVAILABLE FOR THE INTACT PARTICLE OF FMDV-C AND THE SD6 FAB CO-CRYSTALLIZED WITH A SYNTHETIC PEPTIDE CORRESPONDING TO THE DOMINANT ANTIGENIC LOOP, THE GH LOOP, FROM THE VIRAL CAPSIDE PROTEIN VP1. THE ATOMIC MODEL WAS OBTAINED BY DOCKING THE TWO CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURES IN THE RECONSTRUCTED EM MAP. FITTING WAS DONE SIMULTANEOUSLY IN REAL AND RECIPROCAL SPACE. IN REAL SPACE THE CALCULATED ELECTRON DENSITY FOR THE STARTING MODELS WERE FITTED INTO THE CRYO-EM DENSITY BY A STEEPEST DESCENT PROCEDURE WHICH OPTIMIZED THE LINEAR CORRELATION COEFFICIENT BETWEEN THE TWO DISTRIBUTION (GAP- J.GRIMES,D.STUART, UNPUBLISHED) FOR THE RECIPROCAL SPACE FITTING THE STRUCTURE FACTORS CORRESPONDING TO THE CRYO-EM DENSITY OF THE COMPLEX WERE CALCULATED BY INVERSE FOURIER TRANSFORMATIONS AND THESE FACTORS AND PHASES WERE USED TO REFINE THE X-RAY STRUCTURES, BY RIGID BODY MINIMIZATION, USING X-PLOR (BRUNGER, ET.AL., 1993, YALE UNIVERSITY)
原子モデル構築PDB-ID: 1FMD

1fmd


Accession code: 1FMD / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 30 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8279 0 0 0 8279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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