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万見
- PDB-1qd5: OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE A FROM ESCHERICHIA COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qd5
タイトルOUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE A FROM ESCHERICHIA COLI
要素OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE A
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ANTI-PARALLEL BETA BARREL / membrane phospholipase
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / 1-acyl-2-lysophosphatidylserine acylhydrolase activity / phospholipase A1 activity / phospholipase activity / phosphatidylglycerol metabolic process / lysophospholipase activity / phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / lipid catabolic process ...phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / 1-acyl-2-lysophosphatidylserine acylhydrolase activity / phospholipase A1 activity / phospholipase activity / phosphatidylglycerol metabolic process / lysophospholipase activity / phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / lipid catabolic process / cell outer membrane / calcium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A1 / Phospholipase A1 / Phospholipase A1 superfamily / Phospholipase A1 / Outer membrane phospholipase (ompla); Chain C / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Snijder, H.J. / Ubarretxena-Belandia, I. / Blaauw, M. / Kalk, K.H. / Verheij, H.M. / Egmond, M.R. / Dekker, N. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Structural evidence for dimerization-regulated activation of an integral membrane phospholipase.
著者: Snijder, H.J. / Ubarretxena-Belandia, I. / Blaauw, M. / Kalk, K.H. / Verheij, H.M. / Egmond, M.R. / Dekker, N. / Dijkstra, B.W.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of outer membrane phospholipase A from Escherichia coli
著者: Blaauw, M. / Dekker, N. / Verheij, H.M. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録1999年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 1.62018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.72020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.82024年2月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9996
ポリマ－31,5371
非ポリマー1,4625
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.55, 78.55, 101.52
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE A


分子量: 31536.875 Da / 分子数: 1 / 変異: N-TERMINAL EXTENSION ARIRAP / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 解説: ESCHERICHIA COLI, OUTER MEMBRANE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A921, phospholipase A1
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 29% MPD, 0.1 M Bis-Tris, 1 mM calciumchloride, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法
詳細: protein solution is mixed in a 3:2 ratio with well solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
210 mMsuccinate1drop
31.5 %beta-OG1drop
41 mM1dropNaN3
525-29 %(v/v)MPD1reservoir
61 mM1reservoirCaCl2
70.1 Mbis-Tris 1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11201
21201
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1110.9164
シンクロトロンESRF BM0220.9901
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1996年5月16日
MARRESEARCH2CCD1997年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91641
20.99011
反射解像度: 2.17→37 Å / Num. all: 225025 / Num. obs: 15058 / % possible obs: 76.6 % / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 44.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.17→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.21 / Num. unique all: 254 / % possible all: 14.4
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 14.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
XDSデータスケーリング
直接法位相決定
精密化解像度: 2.17→36.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME BULK SOLVENT CORRECTION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1389 9.2 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 15058 76.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.95 Å27.21 Å20 Å2
2--5.95 Å20 Å2
3----11.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→36.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2094 0 82 28 2204
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.213.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.445
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.165
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.235.5
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.078 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 25 9 %
Rwork0.26 254 -
obs--14.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.WATTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM_BOG.DATTOPOL_BOG_MOD.DAT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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