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万見
- PDB-1qca: QUADRUPLE MUTANT Q92C, N146F, Y168F, I172V TYPE III CAT COMPLEXED... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qca
タイトルQUADRUPLE MUTANT Q92C, N146F, Y168F, I172V TYPE III CAT COMPLEXED WITH FUSIDIC ACID. CRYSTALS GROWN AT PH 6.3. X-RAY DATA COLLECTED AT ROOM TEMPERATURE
要素TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE (ACYLTRANSFERASE) / CHLORAMPHENICOL / FUSIDATE / STEROID
機能・相同性
機能・相同性情報


chloramphenicol O-acetyltransferase activity / chloramphenicol O-acetyltransferase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Chloramphenicol acetyltransferase, active site / Chloramphenicol acetyltransferase active site. / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FUSIDIC ACID / Chloramphenicol acetyltransferase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Leslie, A.G.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Steroid recognition by chloramphenicol acetyltransferase: engineering and structural analysis of a high affinity fusidic acid binding site.
著者: Murray, I.A. / Cann, P.A. / Day, P.J. / Derrick, J.P. / Sutcliffe, M.J. / Shaw, W.V. / Leslie, A.G.
#1: ジャーナル: Annu.Rev.Biophys.Biophys.Chem. / 年: 1991
タイトル: Chloramphenicol Acetyltransferase
著者: Shaw, W.V. / Leslie, A.G.W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Refined Crystal Structure of Type III Chloramphenicol Acetyltransferase at 1.75-Angstroms Resolution
著者: Leslie, A.G.W.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1988
タイトル: Structure of Chloramphenicol Acetyltransferase at 1.75-Angstroms Resolution
著者: Leslie, A.G.W. / Moody, P.C.E. / Shaw, W.V.
履歴
登録1995年8月3日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6344
ポリマ－25,0001
非ポリマー6353
水2,594144
1
A: TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,90212
ポリマ－74,9993
非ポリマー1,9049
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area9800 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area24990 Å2
手法PISA, PQS
2
A: TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,80524
ポリマ－149,9976
非ポリマー3,80718
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area21330 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area48620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.810, 107.810, 124.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-222-

CO

21A-223-

CO

31A-302-

HOH

41A-303-

HOH

51A-328-

HOH

61A-333-

HOH

詳細SYMMETRY THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS PRESENTED BELOW GENERATE THE SUBUNITS OF THE POLYMERIC MOLECULE. APPLIED TO RESIDUES: MET 6 .. LYS 219 120 DEGREE ROTATION ABOUT Z SYMMETRY1 1 -0.499953 -0.866025 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 1 0.866026 -0.500047 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: MET 6 .. LYS 219 120 DEGREE ROTATION ABOUT Z SYMMETRY1 2 -0.500047 0.866025 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 2 -0.866026 -0.499953 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 2 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000

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要素

#1: タンパク質 TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE / CAT III


分子量: 24999.553 Da / 分子数: 1 / 変異: Q92C, N146F, Y168F, I172V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
解説: TRANSMISSIBLE PLASMID R387 ISOLATED FROM SHIGELLA FLEXNERI
プラスミド: PUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101
参照: UniProt: P00484, chloramphenicol O-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-FUA / FUSIDIC ACID / フシジン酸


分子量: 516.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H48O6 / コメント: 抗生剤, 抗菌剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THERE ARE TWO COBALT IONS (BOTH OF WHICH LIE ON CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXES) WHICH PLAY A ...THERE ARE TWO COBALT IONS (BOTH OF WHICH LIE ON CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXES) WHICH PLAY A CRUCIAL ROLE IN STABILIZING THE CRYSTAL LATTICE (LESLIE, 1990). CO 222 IS TETRAHEDRALLY COORDINATED BY OE2 GLU 23 AND ND1 HIS 27 FROM TWO SYMMETRY-RELATED MOLECULES. CO 223 IS BELIEVED TO BE A COBALT HEXAMMINE GROUP.
配列の詳細THE AMINO ACID NUMBERING SCHEME ADOPTED IS BASED ON THE ALIGNMENT OF SEVERAL CAT SEQUENCES. FOR THE ...THE AMINO ACID NUMBERING SCHEME ADOPTED IS BASED ON THE ALIGNMENT OF SEVERAL CAT SEQUENCES. FOR THE TYPE III ENZYME WHOSE COORDINATES ARE GIVEN HERE, MET 6 IS THE N-TERMINAL RESIDUE AND THERE IS NO RESIDUE 79.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.69 %
結晶化pH: 6.3 / 詳細: pH 6.3
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15.7 mg/mlprotein11
210 mMMES11or supplemented with 0.5 mM sodium fusidate
310 mMMES12
42-4 %(v/v)MPD12
51 mMhexamine cobalt(III) chloride12
61 mMchloramphenicol12can be replaced by 0.5mM sodium fusidate
70.1 mMdithiothreitol12

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源波長: 1.5418 Å
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年8月27日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→15.6 Å / Num. obs: 14238 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.095
反射
*PLUS
Num. measured all: 68511

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
MOSFLMデータ削減
精密化解像度: 2.2→6 Å / σ(F): 0
詳細: THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT USING THE REFINED 1.75 ANGSTROMS RESOLUTION STRUCTURE OF THE WILD-TYPE ENZYME AS A STARTING MODEL. CRYST1 TEXT TO EXPLAIN UNUSUAL UNIT-CELL ...詳細: THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT USING THE REFINED 1.75 ANGSTROMS RESOLUTION STRUCTURE OF THE WILD-TYPE ENZYME AS A STARTING MODEL. CRYST1 TEXT TO EXPLAIN UNUSUAL UNIT-CELL DATA: HEXAGONAL SETTING FOR R32 HOH 328 LIES ON A CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS AND IS NOT A TRUE SOLVENT MOLECULE, BUT IS IN MODELLING DENSITY SURROUNDING THE COBALT ION CO223 (ALSO ON THE TWO-FOLD AXIS). PRESUMABLY THIS DENSITY IS DUE TO THE HEXAMMINE GROUP (THE CRYSTALS WERE GROWN IN THE PRESENCE OF COBALT HEXAMMINE).
Rfactor反射数%反射
obs0.174 13517 99 %
原子変位パラメータBiso mean: 19.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1686 0 39 144 1869
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0490.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0590.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3.343
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.515
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6.165
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it7.727
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.015
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1660.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1850.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.240.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2150.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.63
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor14.815
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor2820
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROTIN/PROLSQ / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_plane_restr / Dev ideal target: 0.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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