PDB-3u9f: Structure of CATI in complex with chloramphenicol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u9f

タイトル

Structure of CATI in complex with chloramphenicol

要素

Chloramphenicol acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / bacterial resistance / acetylation of chloramphenicol / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

chloramphenicol O-acetyltransferase activity / chloramphenicol O-acetyltransferase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Biswas, T. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: The structural basis for substrate versatility of chloramphenicol acetyltransferase CAT(I).
著者: Biswas, T. / Houghton, J.L. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V.

履歴

登録	2011年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月29日	Group: Structure summary
改定 1.2	2012年4月4日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u9f.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u9f.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u9f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/3u9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/3u9f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3u9bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u9b-1 1q23-3 3u9b-3 1q23-1 1pd5-1 3u9b-2 1q23-2 1noc-2 1pd5-2 1pd5-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chloramphenicol acetyltransferase

B: Chloramphenicol acetyltransferase

C: Chloramphenicol acetyltransferase

D: Chloramphenicol acetyltransferase

E: Chloramphenicol acetyltransferase

F: Chloramphenicol acetyltransferase

G: Chloramphenicol acetyltransferase

H: Chloramphenicol acetyltransferase

I: Chloramphenicol acetyltransferase

J: Chloramphenicol acetyltransferase

K: Chloramphenicol acetyltransferase

L: Chloramphenicol acetyltransferase

M: Chloramphenicol acetyltransferase

N: Chloramphenicol acetyltransferase

O: Chloramphenicol acetyltransferase

P: Chloramphenicol acetyltransferase

R: Chloramphenicol acetyltransferase

S: Chloramphenicol acetyltransferase

ヘテロ分子

468 kDa, 18 ポリマー
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1

A: Chloramphenicol acetyltransferase

B: Chloramphenicol acetyltransferase

C: Chloramphenicol acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Chloramphenicol acetyltransferase

E: Chloramphenicol acetyltransferase

F: Chloramphenicol acetyltransferase

ヘテロ分子

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78 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Chloramphenicol acetyltransferase

H: Chloramphenicol acetyltransferase

I: Chloramphenicol acetyltransferase

ヘテロ分子

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78 kDa, 3 ポリマー
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4

J: Chloramphenicol acetyltransferase

K: Chloramphenicol acetyltransferase

L: Chloramphenicol acetyltransferase

ヘテロ分子

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78 kDa, 3 ポリマー
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5

M: Chloramphenicol acetyltransferase

N: Chloramphenicol acetyltransferase

O: Chloramphenicol acetyltransferase

ヘテロ分子

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6

P: Chloramphenicol acetyltransferase

R: Chloramphenicol acetyltransferase

S: Chloramphenicol acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.336, 114.429, 114.374
Angle α, β, γ (deg.)	119.97, 97.83, 98.64
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Chloramphenicol acetyltransferase / CAT 分子量: 25692.145 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cat / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P62577, chloramphenicol O-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CLM / CHLORAMPHENICOL 分子量: 323.129 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂Cl₂N₂O₅ / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.21 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 20% PEG 4000, isopropanol 10% v/v, reservoir solution contains 1 mM chloramphenicol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 102933 / Num. obs: 89861 / % possible obs: 87.3 % / Observed criterion σ(I): 2.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.869 / SU B: 63.183 / SU ML: 0.548 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.601 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30937	4368	5 %	RANDOM
R_work	0.23642	-	-	-
obs	0.2401	82522	86.84 %	-
all	-	94527	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.524 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.73 Å²	0.39 Å²	1.13 Å²
2-	-	-4.89 Å²	-3.07 Å²
3-	-	-	-4.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31825	0	360	364	32549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	33261
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.909	1.91	45156
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.936	5	3821
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.964	24.144	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.175	15	5132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.258	15	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	4641
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	26196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	14664
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	22425
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.107	0.2	910
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.167	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.135	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.213	1.5	19651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.305	2	31004
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.462	3	15795
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.63	4.5	14152
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.427	295	-
R_work	0.344	5417	-
obs	-	-	77.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4815	-0.5406	-0.1344	2.6116	0.4738	2.9241	0.0278	-0.1035	-0.0942	0.3175	-0.0785	0.0112	0.5358	-0.1694	0.0507	0.4127	-0.0311	0.1507	-0.3672	0.0336	-0.3782	-24.1882	-30.4308	20.3724
2	1.3885	0.6212	-0.5558	2.8185	0.1096	3.166	0.0768	0.0308	0.4374	0.1289	0.0362	0.097	-0.1673	-0.1039	-0.1131	0.2018	0.0949	0.1569	-0.4135	0.0143	-0.2547	-26.2438	-0.2647	12.0165
3	2.0073	-0.4066	-1.0236	3.3244	0.3553	1.9215	0.1	0.2877	0.0105	-0.2427	0.0097	-0.0143	-0.0389	-0.0756	-0.1096	0.2239	-0.0138	0.1183	-0.2848	-0.0098	-0.4362	-17.7582	-21.8097	-9.0277
4	1.2928	-0.3416	-0.3459	2.5405	0.7913	3.638	-0.0753	0.1654	0.2397	-0.5462	0.0258	-0.3118	-0.1706	0.4049	0.0495	0.2675	-0.0555	0.2207	-0.2929	0.0299	-0.3086	-2.0563	48.8763	-36.1151
5	2.1568	-1.0209	0.1145	2.7521	0.0816	2.8934	0.0105	-0.3742	0.12	0.2703	0.0757	-0.1135	-0.3334	0.2492	-0.0862	0.1308	-0.0633	0.136	-0.2976	-0.0985	-0.3186	-10.9157	54.4269	-7.4879
6	1.3758	0.4734	-0.3137	2.7414	0.122	2.9537	-0.1473	0.0265	-0.3156	0.1828	0.1696	-0.1812	0.5215	0.3602	-0.0223	0.257	0.1108	0.1126	-0.3296	-0.0351	-0.2784	-3.7014	25.8104	-15.7541
7	1.5965	0.8175	0.2752	2.6425	0.0416	3.2957	-0.0983	-0.0278	0.2582	-0.0205	-0.0599	0.1329	-0.2666	-0.2197	0.1582	0.3542	0.1144	0.0043	-0.4087	-0.0755	-0.2362	24.6101	-9.7289	19.3933
8	1.8072	-0.1272	-1.4577	1.6991	-0.1624	3.1963	-0.1776	0.2581	0.0635	-0.3468	0.0417	0.0594	0.0628	-0.1283	0.1359	0.4698	-0.089	0.0862	-0.4192	-0.0363	-0.34	33.3734	-26.4155	-5.1947
9	1.7987	-0.2678	-0.4603	2.5535	-0.0556	2.605	-0.1182	-0.1893	-0.1212	-0.023	-0.0962	0.0289	0.294	-0.1261	0.2144	0.3538	-0.0576	0.168	-0.4142	-0.0035	-0.2533	28.7832	-40.2898	22.153
10	1.7369	-0.4013	-0.1314	2.2595	0.2403	2.5841	0.0731	0.1054	-0.2205	0.0087	-0.041	0.0652	0.2778	-0.0616	-0.0321	0.1763	0.0353	0.0448	-0.4222	0.0001	-0.2565	18.0131	12.9119	40.0116
11	0.9681	-0.1217	0.3466	2.9884	0.0582	3.198	0.1807	-0.1988	0.0132	0.5704	-0.1902	0.2134	-0.1398	-0.1012	0.0095	0.334	0.0058	0.1952	-0.3669	-0.0175	-0.3785	9.1248	34.5017	61.0854
12	1.9947	0.3266	-0.9393	3.0694	0.3634	2.1744	0.1964	0.3286	0.3167	-0.0224	-0.0683	0.0989	-0.3613	-0.1188	-0.1281	0.2653	0.0974	0.1356	-0.3643	0.0814	-0.3457	15.5865	42.9919	31.5877
13	1.6977	-0.368	0.2736	2.1212	-0.92	2.7303	0.0137	-0.0136	0.2736	-0.1772	-0.0636	-0.3268	-0.5667	0.1471	0.05	0.2383	-0.0489	0.1214	-0.4044	0.0157	-0.1644	13.7792	105.455	77.0313
14	2.4935	-0.2247	-0.791	2.7308	-0.0926	2.7563	0.0425	-0.2208	-0.1778	0.3792	-0.155	-0.2298	0.1232	0.1528	0.1126	0.1604	-0.0117	0.0567	-0.3217	0.0515	-0.323	11.8469	82.333	97.3061
15	1.5484	0.4927	0.228	2.9187	0.1106	2.7775	-0.0653	0.3086	-0.1161	-0.3844	-0.0061	-0.3514	0.4947	0.4645	0.0714	0.2766	0.1489	0.241	-0.2567	0.02	-0.3294	20.4655	76.7128	68.2813
16	1.2051	0.3089	0.4495	2.4843	-0.3973	2.302	-0.1213	-0.2443	0.0171	0.2319	0.2547	0.1624	0.0914	-0.2716	-0.1334	0.2934	0.186	0.1512	-0.1917	-0.0211	-0.3999	61.3619	38.0454	56.8782
17	1.3417	0.2676	-0.0918	3.4472	-0.1434	2.5584	-0.0266	0.0445	0.1424	-0.2949	0.1355	0.0554	-0.1291	-0.096	-0.109	0.3037	0.051	0.0477	-0.3032	0.0057	-0.3749	66.1956	51.9692	29.5067
18	1.564	-0.4774	-1.0258	3.1146	-0.2338	1.5097	-0.1125	0.0937	-0.2462	-0.2111	0.0733	-0.104	0.2845	-0.0934	0.0393	0.3401	-0.007	0.1514	-0.3184	-0.059	-0.319	70.5974	21.4077	32.3269

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 216
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	221
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 216
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	221
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 217
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	221
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	7 - 217
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	221
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	7 - 217
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	221
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	7 - 217
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	221
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	4 - 217
14	X-RAY DIFFRACTION	7	G	221
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	5 - 217
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	221
17	X-RAY DIFFRACTION	9	I	5 - 217
18	X-RAY DIFFRACTION	9	I	221
19	X-RAY DIFFRACTION	10	J	2 - 217
20	X-RAY DIFFRACTION	10	J	221
21	X-RAY DIFFRACTION	11	K	2 - 217
22	X-RAY DIFFRACTION	11	K	221
23	X-RAY DIFFRACTION	12	L	2 - 217
24	X-RAY DIFFRACTION	12	L	221
25	X-RAY DIFFRACTION	13	M	7 - 217
26	X-RAY DIFFRACTION	13	M	221
27	X-RAY DIFFRACTION	14	N	6 - 217
28	X-RAY DIFFRACTION	14	N	221
29	X-RAY DIFFRACTION	15	O	7 - 217
30	X-RAY DIFFRACTION	15	O	221
31	X-RAY DIFFRACTION	16	P	3 - 217
32	X-RAY DIFFRACTION	16	P	221
33	X-RAY DIFFRACTION	17	R	4 - 217
34	X-RAY DIFFRACTION	17	R	221
35	X-RAY DIFFRACTION	18	S	4 - 217
36	X-RAY DIFFRACTION	18	S	221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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