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- PDB-1q8m: Crystal structure of the human myeloid cell activating receptor TREM-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q8m
タイトルCrystal structure of the human myeloid cell activating receptor TREM-1
要素triggering receptor expressed on myeloid cells 1
キーワードIMMUNE SYSTEM RECEPTOR / V-type Ig-like domain / Immunoglobulin-like
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor decoy activity / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / humoral immune response / neutrophil chemotaxis / DAP12 interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / scaffold protein binding ...receptor decoy activity / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / humoral immune response / neutrophil chemotaxis / DAP12 interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / scaffold protein binding / adaptive immune response / intracellular signal transduction / immune response / innate immune response / cell surface / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Triggering receptor expressed on myeloid cells 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Radaev, S. / Kattah, M. / Rostro, B. / Colonna, M. / Sun, P.D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the human myeloid cell activating receptor TREM-1
著者: Radaev, S. / Kattah, M. / Rostro, B. / Colonna, M. / Sun, P.D.
履歴
登録2003年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: triggering receptor expressed on myeloid cells 1
B: triggering receptor expressed on myeloid cells 1
C: triggering receptor expressed on myeloid cells 1
D: triggering receptor expressed on myeloid cells 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,07715
ポリマ－59,8094
非ポリマー1,26811
水2,864159
1
A: triggering receptor expressed on myeloid cells 1
B: triggering receptor expressed on myeloid cells 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6928
ポリマ－29,9042
非ポリマー7886
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area12110 Å2
手法PISA
2
C: triggering receptor expressed on myeloid cells 1
D: triggering receptor expressed on myeloid cells 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3857
ポリマ－29,9042
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area12100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.315, 128.595, 62.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
triggering receptor expressed on myeloid cells 1


分子量: 14952.163 Da / 分子数: 4 / 断片: Extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TREM1 / プラスミド: Pet-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NP99
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: Ammonium sulfate, MES, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 5.7 / PH range high: 5.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12.1-2.4 Mammonium sulfate1reservoir
2100 mMMES1reservoirpH5.4-5.7
3sodium citrate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0376, 0.9641, 0.9790, 0.9791
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03761
20.96411
30.9791
40.97911
反射解像度: 2.6→46 Å / Num. all: 52139 / Num. obs: 52139 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 2369 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 95.9
反射
*PLUS
Num. obs: 23897 / % possible obs: 98.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.7 % / Num. unique obs: 2369 / Rmerge(I) obs: 0.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→46 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.251 1089 RANDOM
Rwork0.201 --
all-23904 -
obs-22801 -
原子変位パラメータBiso mean: 38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3928 0 70 159 4157
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0067
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.67
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.64 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.376 52
Rwork0.323 -
obs-961
精密化
*PLUS
最低解像度: 46 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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