PDB-1q8f: Crystal Structure of the E.coli pyrimidine nucleoside hydrolase yeiK

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1q8f

タイトル

Crystal Structure of the E.coli pyrimidine nucleoside hydrolase yeiK

要素

Pyrimidine nucleoside hydrolase

キーワード

HYDROLASE / open alpha-beta structure / NH-fold

機能・相同性

機能・相同性情報

ribosylpyrimidine nucleosidase / pyrimidine ribonucleoside catabolic process / uridine nucleosidase activity / purine nucleosidase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / purine nucleoside catabolic process / protein homotetramerization / calcium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Giabbai, B. / Degano, M.

引用

ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: Crystal structure to 1.7 a of the Escherichia coli pyrimidine nucleoside hydrolase YeiK, a novel candidate for cancer gene therapy.
著者: Giabbai, B. / Degano, M.

履歴

登録	2003年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1q8f.cif.gz	266.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1q8f.ent.gz	211 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1q8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1q8f_validation.pdf.gz	465.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1q8f_full_validation.pdf.gz	477.2 KB	表示
XML形式データ	1q8f_validation.xml.gz	54.2 KB	表示
CIF形式データ	1q8f_validation.cif.gz	79.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/1q8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/1q8f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1masS 1hp0 2mas S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3mkm-d 3b9x-d 3mkn-d 3g5i-d 1yoe-4 6a19-1 6a08-1 6a0o-1 4k3y-d 6a0y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pyrimidine nucleoside hydrolase

B: Pyrimidine nucleoside hydrolase

C: Pyrimidine nucleoside hydrolase

D: Pyrimidine nucleoside hydrolase

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.808, 85.707, 90.678
Angle α, β, γ (deg.)	112.95, 101.95, 85.92
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	PRO	PRO	5	A	A	3 - 90	3 - 90
2	1	1	LYS	LYS	PRO	PRO	5	B	B	3 - 90	3 - 90
3	1	1	LYS	LYS	PRO	PRO	5	C	C	3 - 90	3 - 90
4	1	1	LYS	LYS	PRO	PRO	5	D	D	3 - 90	3 - 90
5	2	1	GLU	GLU	THR	THR	5	A	A	100 - 223	100 - 223
6	2	1	GLU	GLU	THR	THR	5	B	B	100 - 223	100 - 223
7	2	1	GLU	GLU	THR	THR	5	C	C	100 - 223	100 - 223
8	2	1	GLU	GLU	THR	THR	5	D	D	100 - 223	100 - 223
9	3	1	GLY	GLY	ILE	ILE	5	A	A	236 - 310	236 - 310
10	3	1	GLY	GLY	ILE	ILE	5	B	B	236 - 310	236 - 310
11	3	1	GLY	GLY	ILE	ILE	5	C	C	236 - 310	236 - 310
12	3	1	GLY	GLY	ILE	ILE	5	D	D	236 - 310	236 - 310
1	1	2	VAL	VAL	ALA	ALA	6	A	A	91 - 99	91 - 99
2	1	2	VAL	VAL	ALA	ALA	6	B	B	91 - 99	91 - 99
3	1	2	VAL	VAL	ALA	ALA	6	C	C	91 - 99	91 - 99
4	1	2	VAL	VAL	ALA	ALA	6	D	D	91 - 99	91 - 99
5	2	2	LEU	LEU	GLY	GLY	6	A	A	224 - 235	224 - 235
6	2	2	LEU	LEU	GLY	GLY	6	B	B	224 - 235	224 - 235
7	2	2	LEU	LEU	GLY	GLY	6	C	C	224 - 235	224 - 235
8	2	2	LEU	LEU	GLY	GLY	6	D	D	224 - 235	224 - 235

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The biologically active tetramer is contained in the crystal asymmetric unit

#1: タンパク質	Pyrimidine nucleoside hydrolase / Pyrimidine nucleosidase / CU-NH / Hypothetical protein yeiK 分子量: 33761.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YEIK / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P33022, ribosylpyrimidine nucleosidase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1055 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.02 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEGMME 3350, methanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月4日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Diamond crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→81.6 Å / Num. obs: 122468 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 16.9 Å² / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 12529 / R_sym value: 0.221 / % possible all: 63.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1MAS

1mas

解像度: 1.7→43.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 1.685 / SU ML: 0.056 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16989	1247	1 %	RANDOM
R_work	0.15331	-	-	-
all	0.1534	121220	-	-
obs	0.15348	121220	91.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.208 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.15 Å²	0.51 Å²	-0.28 Å²
2-	-	-0.32 Å²	0.18 Å²
3-	-	-	0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9260	0	100	1055	10415

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	9520
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.307	1.974	12940
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.855	5	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7100
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	4938
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	831
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.132	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.201	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.566	1.5	6112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.011	2	9916
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.003	3	3408
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.336	4.5	3024

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2147	medium positional	0.19	0.5
1	2	B	2147	medium positional	0.18	0.5
1	3	C	2147	medium positional	0.19	0.5
1	4	D	2147	medium positional	0.19	0.5
2	1	A	168	loose positional	0.62	5
2	2	B	168	loose positional	0.5	5
2	3	C	168	loose positional	0.58	5
2	4	D	168	loose positional	0.66	5
1	1	A	2147	medium thermal	0.78	2
1	2	B	2147	medium thermal	1.89	2
1	3	C	2147	medium thermal	1.03	2
1	4	D	2147	medium thermal	1.41	2
2	1	A	168	loose thermal	1.81	10
2	2	B	168	loose thermal	4.59	10
2	3	C	168	loose thermal	1.53	10
2	4	D	168	loose thermal	3.56	10

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.182	52
R_work	0.185	5712
obs	-	5712

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1087	-0.0025	0.0783	0.1188	-0.082	0.5059	-0.0371	-0.0014	0.0048	0.035	0.0401	-0.0047	-0.1128	-0.0295	-0.003	0.054	0.0072	-0.0044	0.0235	0.0103	0.0339	-3.465	20.5165	-20.256
2	0.3452	-0.2708	0.0178	0.6695	-0.1716	0.4176	-0.1076	-0.1044	0.036	0.1858	0.1101	-0.0576	-0.2026	-0.0748	-0.0025	0.15	0.0568	-0.0297	0.0535	-0.0315	0.0188	1.323	21.6795	19.3808
3	0.239	-0.0265	-0.0452	0.2161	-0.0248	0.1492	-0.0252	0.0449	-0.0246	-0.0236	0.0052	0.0065	-0.005	-0.0376	0.02	0.0123	-0.0202	0.0114	0.0465	-0.0118	0.0407	-7.7206	-21.871	-17.3751
4	0.1147	-0.0252	0.0685	0.0893	0.0012	0.2483	-0.0274	-0.0182	-0.0201	0.0022	0.0133	-0.0183	-0.0144	-0.0152	0.0141	0.0035	-0.004	0.0087	0.0429	0.0199	0.0451	9.651	-20.336	18.4653

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 310	3 - 310
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 310	3 - 310
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	3 - 310	3 - 310
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	3 - 310	3 - 310

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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