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- PDB-1q6h: Crystal structure of a truncated form of FkpA from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q6h
タイトルCrystal structure of a truncated form of FkpA from Escherichia coli
要素FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase fkpA
キーワードISOMERASE / chaperone / peptidyl-prolyl isomerase / heat shock protein / FKBP family
機能・相同性
機能・相同性情報


protein folding chaperone / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / protein refolding
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal domain superfamily / Domain amino terminal to FKBP-type peptidyl-prolyl isomerase / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily ...Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal domain superfamily / Domain amino terminal to FKBP-type peptidyl-prolyl isomerase / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Helix Hairpins / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FkpA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Saul, F.A. / Arie, J.-P. / Vulliez-le Normand, B. / Kahn, R. / Betton, J.-M. / Bentley, G.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural and functional studies of FkpA from Escherichia coli, a cis/trans peptidyl-prolyl isomerase with chaperone activity.
著者: Saul, F.A. / Arie, J.P. / Vulliez-le Normand, B. / Kahn, R. / Betton, J.M. / Bentley, G.A.
履歴
登録2003年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase fkpA
B: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase fkpA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5802
ポリマ－48,5802
非ポリマー00
水8,431468
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area22870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.030, 85.230, 160.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer (chains A, B)

-
要素

#1: タンパク質 FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase fkpA / PPiase / Rotamase


分子量: 24290.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: FKPA OR B3347 / プラスミド: pTfkpDCT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC4100 derivative / 参照: UniProt: P45523, peptidylprolyl isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 2000, sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
130 %(w/v)Jeffamine M6001reservoir
20.1 MMES1reservoirpH6.5
30.05 M1reservoirCsCl
44.4 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→28 Å / Num. all: 31307 / Num. obs: 31307 / % possible obs: 84.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 25.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.97→2.08 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 3298 / Rsym value: 0.206 / % possible all: 74.2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.2 % / Num. unique obs: 3298 / Rmerge(I) obs: 0.206

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FkpA (C-domain 95-226)

解像度: 1.97→28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 5.655 / SU ML: 0.163 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2286 965 3.1 %RANDOM
Rwork0.1824 ---
all0.1838 30278 --
obs0.18383 30278 84.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.105 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.07 Å20 Å20 Å2
2--1.1 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3224 0 0 468 3692
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223278
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3581.9894398
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67637060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7493418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg14.34515668
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02578
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.3741
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.32826
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.5375
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0390.53
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2290.318
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.348
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2480.532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.02522078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67833316
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.04231200
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.32141082
LS精密化 シェル解像度: 1.97→1.995 Å / Total num. of bins used: 40 /
Rfactor反射数
Rfree0.269 22
Rwork0.193 789
obs-789
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.99430.9642.44751.01981.26642.706-0.0420.1859-0.0052-0.08740.046-0.1169-0.10220.2253-0.0040.12560.00710.04110.09230.03890.1299-6.493956.1938.7821
214.0189-6.1326-15.21972.88326.753216.2720.09470.12320.17860.0428-0.05880.01260.109-0.2545-0.03590.15520.0068-0.01250.1218-0.00610.1551-5.281939.811818.0948
32.5498-0.47710.23350.8898-0.46382.4147-0.0314-0.13420.08170.1477-0.0182-0.0516-0.09440.07180.04960.0816-0.0187-0.00810.0263-0.00290.075817.897224.722512.9249
42.5150.61221.58650.58250.85434.9677-0.10620.08270.0331-0.0926-0.040.0523-0.0703-0.1920.14620.12050.05360.04040.033-0.01820.1572-8.95256.413244.0007
510.35458.7471-12.28077.0525-10.2113.95250.0748-0.0982-0.25060.1653-0.289-0.2351-0.09760.21140.21420.1833-0.00960.01670.1236-0.0130.1761-4.773243.932366.3862
63.04421.08840.05131.23280.26641.9569-0.04080.19990.1754-0.2750.01480.049-0.2506-0.04120.0260.1380.0090.00150.02540.0030.0966-26.676128.03668.65
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA15 - 6915 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2AA70 - 11270 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3AA113 - 224113 - 224
4X-RAY DIFFRACTION4BB15 - 6915 - 69
5X-RAY DIFFRACTION5BB70 - 11270 - 112
6X-RAY DIFFRACTION6BB113 - 224113 - 224
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 28 Å / Rfactor Rfree: 0.229 / Rfactor Rwork: 0.182
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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