PDB-1q6i: Crystal structure of a truncated form of FkpA from Escherichia co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1q6i

タイトル

Crystal structure of a truncated form of FkpA from Escherichia coli, in complex with immunosuppressant FK506

要素

FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase fkpA

キーワード

ISOMERASE / chaperone / peptidyl-prolyl isomerase / heat shock protein / FKBP family / immunosuppressant FK506 / ascomycin

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / protein folding chaperone / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / outer membrane-bounded periplasmic space / protein refolding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / rigid-body refinement / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Saul, F.A. / Arie, J.-P. / Vulliez-le Normand, B. / Kahn, R. / Betton, J.-M. / Bentley, G.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural and functional studies of FkpA from Escherichia coli, a cis/trans peptidyl-prolyl isomerase with chaperone activity.
著者: Saul, F.A. / Arie, J.P. / Vulliez-le Normand, B. / Kahn, R. / Betton, J.M. / Bentley, G.A.

履歴

登録	2003年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1q6i.cif.gz	101.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1q6i.ent.gz	78.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1q6i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1q6i_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1q6i_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	1q6i_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	1q6i_validation.cif.gz	30.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/1q6i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/1q6i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1q6hC 1q6uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1q6h-d 2h0h-2 7eam-2 7eam-1 6j09-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase fkpA

B: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase fkpA

ヘテロ分子

50.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.140, 85.440, 159.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is a dimer (chains A, B)

#1: タンパク質	FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase fkpA / PPiase / Rotamase 分子量: 24290.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: FKPA OR B3347 / プラスミド: pTfkpDCT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC4100 derivative / 参照: UniProt: P45523, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-FK5 / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / K506 / タクロリムス分子量: 804.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₄H₆₉NO₁₂ / コメント: 薬剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	FK5 301 IS ASSOCIATED WITH MOLECULE A. FK5 401 IS ASSOCIATED WITH MOLECULE B.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.78 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 2000, sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

結晶化

*PLUS

温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	30 %	PEG2000	1	reservoir
2	0.1 M	sodium acetate	1	reservoir	pH4.5
3	3.1 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→30 Å / Num. all: 22702 / Num. obs: 22702 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 39.47 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2744 / R_sym value: 0.22 / % possible all: 81.2
反射	PLUS 最低解像度: 30 Å / R_merge(I) obs*: 0.068
反射シェル	PLUS % possible obs: 81.2 % / Num. unique obs: 2744 / R_merge(I) obs*: 0.22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法: rigid-body refinement
開始モデル: FkpA (individual N- and C-domains)

解像度: 2.25→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 10.443 / SU ML: 0.266 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.332 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25344	700	3.1 %	RANDOM
R_work	0.20642	-	-	-
all	0.2079	21956	-	-
obs	0.2079	21956	90.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.929 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3224	0	114	230	3568

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	3406
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3129
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.758	2.026	4581
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.13	3	7388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.043	3	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	17.025	15	674
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3693
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	583
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.3	816
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.3	2966
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.333	0.5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.5	283
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.234	0.5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.191	0.3	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.222	0.3	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.196	0.5	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.111	2	2079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.838	3	3319
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.939	3	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.075	4	1262

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.279 Å / Total num. of bins used: 40 /

	R_factor	反射数
R_free	0.451	17
R_work	0.268	651
obs	-	651

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4019	0.7413	3.787	0.3277	1.0069	4.3795	-0.0424	0.3735	-0.0134	-0.045	0.032	-0.165	-0.1662	0.2967	0.0105	0.1578	-0.033	0.0654	0.1368	0.0277	0.2074	-6.6383	56.3976	38.5617
2	18.8629	-7.8334	-19.8787	3.5503	8.4525	20.7283	0.2133	0.047	-0.1704	-0.0575	-0.3453	0.1845	-0.2019	-0.2333	0.1319	0.1596	-0.0186	0.0055	0.1709	-0.0145	0.1828	-5.3102	40.0949	17.793
3	2.9328	-0.4563	-0.0697	1.7065	-0.3225	3.079	0.0049	-0.2414	0.0733	0.2448	-0.0617	-0.0729	-0.1236	0.076	0.0568	0.0432	-0.0265	-0.0131	0.0163	0.0065	0.0763	17.5092	24.8399	13.6266
4	3.5091	0.3491	1.9034	0.7125	0.5053	6.5769	-0.1212	0.1473	0.2028	-0.1257	-0.1165	-0.0408	-0.1139	-0.2874	0.2377	0.1245	0.0277	0.0611	0.0828	0.0208	0.1611	-9.1064	56.5146	43.7269
5	12.6925	10.4254	-14.8265	8.1548	-11.8189	16.4538	-0.0341	-0.0147	-0.389	0.0554	-0.2493	-0.298	-0.0124	0.1771	0.2834	0.1624	-0.0184	0.047	0.1064	0.0047	0.1653	-4.9072	43.9711	66.2018
6	3.692	1.4652	0.7458	1.4635	0.1273	2.348	-0.0613	0.3287	0.1765	-0.3498	0.0287	0.05	-0.274	-0.0181	0.0325	0.144	0.0225	0.0152	0.0188	-0.0012	0.1015	-26.4234	28.3598	67.491

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	15 - 69	15 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	70 - 112	70 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	113 - 224	113 - 224
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	C	301	1
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	15 - 69	15 - 69
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	70 - 112	70 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	113 - 224	113 - 224
8	X-RAY DIFFRACTION	6	A	D	401	1

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最低解像度: 30 Å / R_factor R_free: 0.253 / R_factor R_work: 0.206

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.76

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