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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q4d | ||||||
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タイトル | S65T Q80R T203C Green Fluorescent Protein (GFP) pH 5.5 | ||||||
![]() | Green Fluorescent Protein | ||||||
![]() | LUMINESCENT PROTEIN / green fluorescent protein / GFP / fluorophore / chromophore | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jain, R.K. / Ranganathan, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Local complexity of amino acid interactions in a protein core. 著者: Jain, R.K. / Ranganathan, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26947.422 Da / 分子数: 1 / 変異: Q80R, S65T, T203C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pRSET-B (Invitrogen) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | RESIDUE SER A 65 IS MUTATED TO THR A 65. THR A 65, TYR A 66 AND GLY A 67 ARE MODIFIED TO MAKE ...RESIDUE SER A 65 IS MUTATED TO THR A 65. THR A 65, TYR A 66 AND GLY A 67 ARE MODIFIED TO MAKE CHROMOPHOR |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.19 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 4000, MgCl2, BME, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 8.5 / PH range high: 8.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→25 Å / Num. all: 30578 / Num. obs: 30578 / % possible obs: 99.9 % |
反射 | *PLUS 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.046 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.4 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EMA 解像度: 1.58→25 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→25 Å
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拘束条件 | *PLUS
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