PDB-1q42: Crystal structure analysis of the Candida albicans Mtr2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1q42

タイトル

Crystal structure analysis of the Candida albicans Mtr2

要素

MRNA TRANSPORT REGULATOR Mtr2

キーワード

TRANSLATION / Mtr2 / NTF2-fold / nuclear export

機能・相同性

Nuclear pore RNA shuttling protein Mtr2 / Nuclear pore RNA shuttling protein Mtr2 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / nucleus / Alpha Beta / mRNA transport regulator MTR2

機能・相同性情報

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Senay, C. / Ferrari, P. / Rocher, C. / Rieger, K.J. / Winter, J. / Platel, D. / Bourne, Y.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The mtr2-mex67 ntf2-like domain complex: Structural insights into a dual role of MTR2 for yeast nuclear export
著者: Senay, C. / Ferrari, P. / Rocher, C. / Rieger, K.J. / Winter, J. / Platel, D. / Bourne, Y.

履歴

登録	2003年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1q42.cif.gz	46.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1q42.ent.gz	32.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1q42.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/1q42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/1q42	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1q40SC 1of5 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oxb-2 4piz-d 5i0s-d 2mxz-d 4jto-d 4xez-d 4iew-d 1bt7-d 6bpx-d 4ubg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MRNA TRANSPORT REGULATOR Mtr2

22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.489, 54.308, 61.285
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.02, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	MRNA TRANSPORT REGULATOR Mtr2 / Mtr2 分子量: 22683.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84148
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.9 %

結晶化

温度: 293 K / pH: 7
詳細: NaH2PO4/K2HPO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.00

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細 (eV)
1	9.5 mg/ml	protein	1	drop
2	0.8 M	sodium potassium phosphate	1	reservoir	pH7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→25 Å / Num. obs: 19385 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 2.3 % / R_sym value: 0.056 / Net I/σ(I): 4.7
反射シェル	解像度: 1.75→1.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / R_sym value: 0.36 / % possible all: 84
反射	PLUS 最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 19910 / 冗長度: 2.3 % / Num. measured all: 125926 / R_merge(I) obs*: 0.056
反射シェル	PLUS % possible obs: 84 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs*: 1.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q40

1q40

解像度: 1.75→12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 2.743 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25434	994	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22355	-	-	-
obs	0.22518	18343	94.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.442 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.69 Å²	0 Å²	1.47 Å²
2-	-	-0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.76 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.115 Å	0.114 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1271	0	0	71	1342

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.267	1.941	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.77	3	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.369	5	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	192
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	218
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.225	0.2	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	769
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.082	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.106	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.174	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.038	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.907	1.5	795
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.708	2	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.962	3	509
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.272	4.5	479
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.324	64
R_work	0.268	1177

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 8.0269 Å / Origin y: 0.7072 Å / Origin z: 13.6453 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0294 Å²	0.0231 Å²	-0.0213 Å²	-	0.0394 Å²	0.0057 Å²	-	-	0.0393 Å²
L	0.8198 °²	-0.3187 °²	-0.5824 °²	-	0.2613 °²	-0.1785 °²	-	-	1.2261 °²
S	0.0128 Å °	-0.0938 Å °	0.0592 Å °	0.0279 Å °	0.0825 Å °	-0.0287 Å °	-0.0657 Å °	0.046 Å °	-0.0954 Å °

精密化

*PLUS

最低解像度: 12 Å / R_factor R_free: 0.234 / R_factor R_work: 0.199

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081

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関連情報:EMDBヘッダ

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