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- PDB-1q0v: Solution Structure of Tandem UIMs of Vps27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q0v
タイトルSolution Structure of Tandem UIMs of Vps27
要素hydrophilic protein; has cysteine rich putative zinc finger essential for function; Vps27p
キーワードTRANSPORT BINDING / Stable / non-interacting alpha-helices
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein maturation / microlipophagy / ESCRT-0 complex / microautophagy / protein retention in Golgi apparatus / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / ATP export / protein targeting to vacuole / multivesicular body sorting pathway / late endosome to vacuole transport ...positive regulation of protein maturation / microlipophagy / ESCRT-0 complex / microautophagy / protein retention in Golgi apparatus / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / ATP export / protein targeting to vacuole / multivesicular body sorting pathway / late endosome to vacuole transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / cellular response to nitrogen starvation / vacuolar membrane / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein secretion / ubiquitin binding / endosome membrane / endosome / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / protein-containing complex / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #100 / : / Vacuolar protein sorting-associated protein 27, GAT-like domain / Hepatocyte growth factor-regulated tyrosine kinase substrate/VPS27 / FYVE zinc finger / VHS domain / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / VHS domain / VHS domain profile. ...Helix Hairpins - #100 / : / Vacuolar protein sorting-associated protein 27, GAT-like domain / Hepatocyte growth factor-regulated tyrosine kinase substrate/VPS27 / FYVE zinc finger / VHS domain / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Ubiquitin interaction motif / ENTH/VHS / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein sorting-associated protein 27
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Swanson, K.A. / Kang, R.S. / Stamenova, S.D. / Hicke, L. / Radhakrishnan, I.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Solution structure of Vps27 UIM-ubiquitin complex important for endosomal sorting and receptor downregulation.
著者: Swanson, K.A. / Kang, R.S. / Stamenova, S.D. / Hicke, L. / Radhakrishnan, I.
履歴
登録2003年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hydrophilic protein; has cysteine rich putative zinc finger essential for function; Vps27p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3701
ポリマ－9,3701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80the submitted conformer models are the 20 structures with the lowest restraint energies, restraint violations, and RMS deviations from ideal covalent geometry
代表モデルモデル #1the structure with the lowest restraint energy.

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要素

#1: タンパク質 hydrophilic protein; has cysteine rich putative zinc finger essential for function; Vps27p


分子量: 9370.256 Da / 分子数: 1 / 断片: Tandem UIM / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: vps27 / プラスミド: pET30 derivative / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40343

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM Vps27 UIM U-15N90% H2O/10% D2O
21 mM Vps27 UIM U-15N,U-13C100% D2O
試料状態イオン強度: 20 mM sodium phosphate, pH 6.0, 0.2% NaN3 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1BVarian Instrumentscollection
Felix98Accelrysデータ解析
CNS1.1Brunger et al.精密化
ARIA1.2Linge and Nilges精密化
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 858 DISTANCE RESTRAINTS, INCLUDING 808 NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS [412 UNAMBIGUOUS AND 396 AMBIGUOUS RESTRAINTS], 50 HYDROGEN BONDING DISTANCE ...詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 858 DISTANCE RESTRAINTS, INCLUDING 808 NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS [412 UNAMBIGUOUS AND 396 AMBIGUOUS RESTRAINTS], 50 HYDROGEN BONDING DISTANCE RESTRAINTS, AND 66 TORSION ANGLE RESTRAINTS.
代表構造選択基準: the structure with the lowest restraint energy.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: the submitted conformer models are the 20 structures with the lowest restraint energies, restraint violations, and RMS deviations from ideal covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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