ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.1.09精密化 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング AMoRE位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 1TC1解像度 : 2.1→48.22 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.938 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.92 / SU B : 4.105 / SU ML : 0.109 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.189 / ESU R Free : 0.166 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.21525 1276 5.1 % RANDOM Rwork 0.17336 - - - obs 0.17549 24231 94.98 % - all - 24801 - -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : BABINET MODEL WITH MASK原子変位パラメータ Biso mean : 14.486 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -3.84 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 1.78 Å2 0 Å2 3- - - 2.06 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.1→48.22 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2633 0 48 243 2924
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.024 0.022 2756 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg2.028 2.005 3750 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.316 5 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg13.136 15 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.134 0.2 447 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.008 0.02 1987 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.215 0.2 1228 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.174 0.2 253 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.175 0.2 25 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.138 0.2 10 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it1.2 1.5 1695 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it2.012 2 2739 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it3.035 3 1061 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it4.491 4.5 1011
LS精密化 シェル 解像度 : 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used : 20 / Rfactor 反射数 Rfree 0.242 102 Rwork 0.195 1729
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.6888 -0.24 -0.0781 2.7784 -0.3298 1.2448 0.0318 -0.1159 0.1187 0.1973 -0.0621 -0.2914 -0.2053 0.0905 0.0303 0.4934 -0.0397 -0.0104 0.0065 0.0143 0.0546 3.541 48.763 29.439 2 0.7328 -0.3069 0.0609 1.3119 -0.2334 0.6084 0.0387 -0.0387 -0.0186 -0.0373 -0.0202 -0.0608 0.05 0.0153 -0.0185 0.4402 -0.0164 -0.0057 0.0059 0.006 0.0332 -1.137 25.717 32.058
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Label asym-ID Auth seq-ID Label seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 AA20 - 202 20 - 202 2 X-RAY DIFFRACTION 1 AC301 1 3 X-RAY DIFFRACTION 2 BB20 - 201 20 - 201 4 X-RAY DIFFRACTION 2 BD302 1