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万見
- PDB-1pt9: Crystal Structure Analysis of the DIII Component of Transhydrogen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pt9
タイトルCrystal Structure Analysis of the DIII Component of Transhydrogenase with a Thio-Nicotinamide Nucleotide Analogue
要素NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / Transhydrogenase / thio-nicotinamide / mitochondria / proton translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


response to vitamin / NAD(P)+ transhydrogenase (Si-specific) activity / proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase activity / proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase / Citric acid cycle (TCA cycle) / NADPH regeneration / intracellular oxygen homeostasis / : / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / positive regulation of mitochondrial membrane potential ...response to vitamin / NAD(P)+ transhydrogenase (Si-specific) activity / proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase activity / proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase / Citric acid cycle (TCA cycle) / NADPH regeneration / intracellular oxygen homeostasis / : / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / positive regulation of mitochondrial membrane potential / cellular oxidant detoxification / tricarboxylic acid cycle / cell redox homeostasis / negative regulation of protein phosphorylation / proton transmembrane transport / reactive oxygen species metabolic process / NAD binding / NADP binding / mitochondrial inner membrane / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / membrane
類似検索 - 分子機能
NAD(P) transhydrogenase, alpha subunit / NAD(P) transhydrogenase, alpha subunit, C-terminal / 4TM region of pyridine nucleotide transhydrogenase, mitoch / NADP transhydrogenase beta-like domain / NAD(P) transhydrogenase beta subunit / Alanine dehydrogenase/NAD(P) transhydrogenase, conserved site-1 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 1. / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, conserved site-2 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 2. / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain ...NAD(P) transhydrogenase, alpha subunit / NAD(P) transhydrogenase, alpha subunit, C-terminal / 4TM region of pyridine nucleotide transhydrogenase, mitoch / NADP transhydrogenase beta-like domain / NAD(P) transhydrogenase beta subunit / Alanine dehydrogenase/NAD(P) transhydrogenase, conserved site-1 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 1. / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, conserved site-2 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 2. / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, NAD(H)-binding domain / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-THIONICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Singh, A. / Venning, J.D. / Quirk, P.G. / van Boxel, G.I. / Rodrigues, D.J. / White, S.A. / Jackson, J.B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Interactions between transhydrogenase and thio-nicotinamide analogues of NAD(H) and NADP(H) underline the importance of nucleotide conformational changes in coupling to proton translocation
著者: Singh, A. / Venning, J.D. / Quirk, P.G. / Van Boxel, G.I. / Rodrigues, D.J. / White, S.A. / Jackson, J.B.
履歴
登録2003年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial
B: NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4598
ポリマ－44,5632
非ポリマー1,8956
水3,081171
1
A: NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2294
ポリマ－22,2821
非ポリマー9483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2294
ポリマ－22,2821
非ポリマー9483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子

B: NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子

B: NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,91716
ポリマ－89,1274
非ポリマー3,79112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/41
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation8_655-y+1,-x,-z+1/41
Buried area12020 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area29840 Å2
手法PISA
4
A: NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子

B: NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4598
ポリマ－44,5632
非ポリマー1,8956
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area15480 Å2
手法PISA
5
A: NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4598
ポリマ－44,5632
非ポリマー1,8956
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/41
Buried area4370 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area16500 Å2
手法PISA
6
B: NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子

B: NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4598
ポリマ－44,5632
非ポリマー1,8956
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.400, 57.400, 251.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-322-

HOH

21B-368-

HOH

31B-377-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial / Pyridine nucleotide transhydrogenase / Nicotinamide nucleotide transhydrogenase


分子量: 22281.652 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 880-1086 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: Heart / 参照: UniProt: Q13423, EC: 1.6.1.2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TAP / 7-THIONICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / TATP


分子量: 759.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O16P3S
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: ammonium sulfate, peg 400, glycerol, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: unpublished data, White, S.A., (2000) Structure Fold.Des., 8, 1.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.42→36.82 Å / Num. all: 102352 / Num. obs: 100817 / % possible obs: 98.5 % / Biso Wilson estimate: 50.91 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.42→2.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2312 / Rsym value: 0.319 / % possible all: 96.2
反射
*PLUS
Num. obs: 16825 / 冗長度: 6 % / Num. measured all: 100817 / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4.9 % / Num. unique obs: 2312 / Num. measured obs: 11365 / Rmerge(I) obs: 0.319

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DJL

1djl


解像度: 2.42→36.8 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 --RANDOM
Rwork0.219 ---
all-102352 --
obs-100817 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→36.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2754 0 118 171 3043
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0071
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.247
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9822
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3412
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.962.5
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.45 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 5040 -
Rwork0.219 --
obs-100817 98.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2thio_het.par
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
精密化
*PLUS
最低解像度: 36.82 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.278 / Rfactor Rwork: 0.2187
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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