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万見
- PDB-1pt6: I domain from human integrin alpha1-beta1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pt6
タイトルI domain from human integrin alpha1-beta1
要素Integrin alpha-1
キーワードCELL ADHESION / Integrin / alpha1
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular extravasation / integrin alpha1-beta1 complex / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / Other semaphorin interactions / CHL1 interactions / Laminin interactions / basal part of cell / Platelet Adhesion to exposed collagen / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin ...cellular extravasation / integrin alpha1-beta1 complex / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / Other semaphorin interactions / CHL1 interactions / Laminin interactions / basal part of cell / Platelet Adhesion to exposed collagen / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / : / Smooth Muscle Contraction / Integrin cell surface interactions / collagen binding / neutrophil chemotaxis / cell-matrix adhesion / acrosomal vesicle / neuron projection morphogenesis / integrin-mediated signaling pathway / cell-cell adhesion / vasodilation / positive regulation of neuron apoptotic process / integrin binding / protein phosphatase binding / perikaryon / positive regulation of MAPK cascade / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / focal adhesion / cell surface / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha Ig-like domain 3 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 ...: / Integrin alpha Ig-like domain 3 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Nymalm, Y. / Puranen, J.S. / Nyholm, T.K.M. / Kapyla, J. / Kidron, H. / Pentikainen, O. / Airenne, T.T. / Heino, J. / Slotte, J.P. / Johnson, M.S. / Salminen, T.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Jararhagin-derived RKKH peptides induce structural changes in alpha1I domain of human integrin alpha1beta1.
著者: Nymalm, Y. / Puranen, J.S. / Nyholm, T.K.M. / Kapyla, J. / Kidron, H. / Airenne, T.T. / Heino, J. / Slotte, J.P. / Johnson, M.S. / Salminen, T.A.
履歴
登録2003年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-1
B: Integrin alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4586
ポリマ－47,2252
非ポリマー2334
水4,918273
1
A: Integrin alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7293
ポリマ－23,6131
非ポリマー1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Integrin alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7293
ポリマ－23,6131
非ポリマー1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.471, 97.601, 53.094
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Integrin alpha-1 / Laminin and collagen receptor / VLA-1 / CD49a


分子量: 23612.621 Da / 分子数: 2 / 断片: residue 136-338 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGA1 / プラスミド: pGEX-4t-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P56199
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 6000, tris, sodium acetate, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.811 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月4日 / 詳細: Bent mirror
放射モノクロメーター: Triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.811 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→25 Å / Num. all: 29394 / Num. obs: 29394 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.87→2 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 4909 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.29精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GCY

1gcy


解像度: 1.87→24.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 4.44 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2402 1470 5 %RANDOM
Rwork0.19119 ---
all0.19369 29394 --
obs0.19369 27922 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.144 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å20.47 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→24.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3044 0 14 273 3331
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0213093
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3181.9514167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82936642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3265385
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2633
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2470.23395
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21950
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1990.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0230.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2880.296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2640.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7091.51913
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34123100
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.06231180
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5234.51067
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.918 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.473 86
Rwork0.449 1631

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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