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万見
- PDB-1pre: PROAEROLYSIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pre
タイトルPROAEROLYSIN
要素PROAEROLYSIN
キーワードTOXIN (HEMOLYTIC POLYPEPTIDE)
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated cytolysis of host cell / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Proaerolysin; Chain A, domain 2 / Proaerolysin, chain A, domain 2 / Pertussis Toxin; Chain B, domain 1 / Aerolysin/Pertussis toxin (APT), N-terminal domain / Proaerolysin, chain A, domain 3 / Aerolysin / : / Aerolysin toxin / Aerolysin toxin / Proaerolysin; Chain A, domain 3 ...Proaerolysin; Chain A, domain 2 / Proaerolysin, chain A, domain 2 / Pertussis Toxin; Chain B, domain 1 / Aerolysin/Pertussis toxin (APT), N-terminal domain / Proaerolysin, chain A, domain 3 / Aerolysin / : / Aerolysin toxin / Aerolysin toxin / Proaerolysin; Chain A, domain 3 / Aerolysin/Pertussis toxin domain / Aerolysin/Pertussis toxin (APT), N-terminal domain superfamily / Aerolysin/Pertussis toxin (APT) domain / Aerolysin/haemolysin toxin, conserved site / Aerolysin type toxins signature. / C-type lectin fold / Beta Complex / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aeromonas hydrophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Parker, M.W. / Buckley, J.T. / Postma, J.P.M. / Tucker, A.D. / Tsernoglou, D.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Structure of the Aeromonas toxin proaerolysin in its water-soluble and membrane-channel states.
著者: Parker, M.W. / Buckley, J.T. / Postma, J.P. / Tucker, A.D. / Leonard, K. / Pattus, F. / Tsernoglou, D.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Analysis of Proaerolysin and Various Single-Site Mutants as a Basis for Understanding Membrane Insertion of the Toxin
著者: Parker, M.W. / Buckley, J.T. / Postma, J.P.M. / Feil, S.C. / Van Der Goot, F.G. / Vetter, I. / Tucker, A.D. / Tsernoglou, D.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystallization of a Proform of Aerolysin, a Hole-Forming Toxin from Aeromonas Hydrophila
著者: Tucker, A.D. / Parker, M.W. / Tsernoglou, D. / Buckley, J.T.
履歴
登録1995年9月15日処理サイト: BNL
改定 1.01996年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROAEROLYSIN
B: PROAEROLYSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,9612
ポリマ－103,9612
非ポリマー00
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area39860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.000, 104.000, 222.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, -0.00043, 0.00286), (-0.00281, 0.37045, -0.92885), (-0.00066, -0.92885, -0.37045)
ベクター: 31.53877, 64.08936, 93.57151)

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要素

#1: タンパク質 PROAEROLYSIN


分子量: 51980.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア)
プラスミド: PRK2013 / 発現宿主: Aeromonas salmonicida (バクテリア) / 参照: UniProt: P09167
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tucker, A.D., (1990) J.Mol.Biol., 212, 561. / pH: 5.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
19.0 mg/mlprotein1drop
2100 mMacetate1reservoirpH5.4
31-2 %PEG40001reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1.009
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1989年11月15日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 30060 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.091
反射
*PLUS
Num. measured all: 145443

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
PROLSQ精密化
精密化解像度: 2.8→6 Å / σ(F): 0 /
反射数%反射
obs26993 98 %
原子変位パラメータBiso mean: 33.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7056 0 0 33 7089
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0440.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0410.045
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.751
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.421.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.661
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1480.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2290.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3050.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2220.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.63
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor21.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor16.920
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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