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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pre | ||||||
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タイトル | PROAEROLYSIN | ||||||
![]() | PROAEROLYSIN | ||||||
![]() | TOXIN (HEMOLYTIC POLYPEPTIDE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Parker, M.W. / Buckley, J.T. / Postma, J.P.M. / Tucker, A.D. / Tsernoglou, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the Aeromonas toxin proaerolysin in its water-soluble and membrane-channel states. 著者: Parker, M.W. / Buckley, J.T. / Postma, J.P. / Tucker, A.D. / Leonard, K. / Pattus, F. / Tsernoglou, D. #1: ![]() タイトル: Structural Analysis of Proaerolysin and Various Single-Site Mutants as a Basis for Understanding Membrane Insertion of the Toxin 著者: Parker, M.W. / Buckley, J.T. / Postma, J.P.M. / Feil, S.C. / Van Der Goot, F.G. / Vetter, I. / Tucker, A.D. / Tsernoglou, D. #2: ![]() タイトル: Crystallization of a Proform of Aerolysin, a Hole-Forming Toxin from Aeromonas Hydrophila 著者: Tucker, A.D. / Parker, M.W. / Tsernoglou, D. / Buckley, J.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 176.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 147 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 379.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-1, -0.00043, 0.00286), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51980.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PRK2013 / 発現宿主: ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6 | ||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tucker, A.D., (1990) J.Mol.Biol., 212, 561. / pH: 5.4 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1989年11月15日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.009 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 30060 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.091 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 145443 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→6 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |