PDB-1pqf: Glycine 24 to Serine mutation of aspartate decarboxylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pqf

タイトル

Glycine 24 to Serine mutation of aspartate decarboxylase

要素

Aspartate 1-decarboxylase

キーワード

LYASE / pyruvoyl-dependent decarboxylase / intramolecular protein self-processing

機能・相同性

機能・相同性情報

alanine biosynthetic process / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / pantothenate biosynthetic process / protein autoprocessing / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Schmitzberger, F. / Kilkenny, M.L. / Lobley, C.M.C. / Webb, M.E. / Vinkovic, M. / Matak-Vinkovic, D. / Witty, M. / Chirgadze, D.Y. / Smith, A.G. / Abell, C. / Blundell, T.L.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Structural constraints on protein self-processing in L-aspartate-alpha-decarboxylase
著者: Schmitzberger, F. / Kilkenny, M.L. / Lobley, C.M.C. / Webb, M.E. / Vinkovic, M. / Matak-Vinkovic, D. / Witty, M. / Chirgadze, D.Y. / Smith, A.G. / Abell, C. / Blundell, T.L.

履歴

登録	2003年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月16日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pqf.cif.gz	115.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pqf.ent.gz	90 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1pqf_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1pqf_full_validation.pdf.gz	456.9 KB	表示
XML形式データ	1pqf_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	1pqf_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/1pqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/1pqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ppyC 1pqeC 1pqhC 1pt0C 1pt1C 1pyqC 1pyuC 1aw8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ppy-1 4aon-1 4aok-1 6oz8-1 1pv6-2 1crl-d 1lpo-d 6p1y-1 6oz8-2 7b2w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate 1-decarboxylase

B: Aspartate 1-decarboxylase

ヘテロ分子

31.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aspartate 1-decarboxylase

B: Aspartate 1-decarboxylase

ヘテロ分子

A: Aspartate 1-decarboxylase

B: Aspartate 1-decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.436, 71.436, 219.157
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-328- HOH

詳細

The asymmetric unit contains two protomers. The biological unit is a tetramer, which is created by the symmetry operator: x,x-y,1/6-z

#1: タンパク質	Aspartate 1-decarboxylase / Aspartate alpha-decarboxylase 分子量: 15825.926 Da / 分子数: 2 / 変異: G24S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PAND / プラスミド: pRESTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 DE3 / 参照: UniProt: P0A790, aspartate 1-decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.1 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: NH42SO4, citric acid, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

結晶化

*PLUS

温度: 19 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	5-9 mg/ml	protein	1	drop
2	1.4-1.6 M	ammonium sulfate	1	reservoir
3	0.1 M	citric acid	1	reservoir	pH4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月14日
放射	モノクロメーター: slits / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→25 Å / Num. obs: 23414 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 30.9 % / B_iso Wilson estimate: 24.9 Å² / R_sym value: 0.078 / Net I/σ(I): 33.8
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 5 / R_sym value: 0.345 / % possible all: 90.5
反射	PLUS 最低解像度: 25 Å / R_merge(I) obs*: 0.078
反射シェル	PLUS % possible obs: 90.5 % / R_merge(I) obs*: 0.345

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1AW8

1aw8

解像度: 2→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 2.587 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18464	1180	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16541	-	-	-
all	0.16636	23414	-	-
obs	0.16636	21839	98.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.989 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.72 Å²	0.36 Å²	0 Å²
2-	-	0.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.08 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.117 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1827	0	10	236	2073

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.459	1.931	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.833	3	3981
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.389	5	241
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	295
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	390
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	344
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.257	0.2	2073
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.106	0.2	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.281	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.273	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.319	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.3	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.673	1.5	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.269	2	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.242	3	693
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.708	4.5	646

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.23	92
R_work	0.187	1423

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	43.9631	6.438	-2.4853	55.0552	9.6364	14.1742	0.079	-0.2103	-1.655	2.697	-0.2517	2.7658	1.5378	-2.112	0.1726	0.3492	-0.1389	0.0052	0.4456	0.0268	0.3083	41.0868	29.7371	10.8968
2	5.9093	3.8555	6.2137	3.5697	6.0018	8.8773	-0.176	-0.1363	0.1841	-0.1839	0.0781	-0.0059	-0.3994	0.102	0.098	0.0782	-0.0453	-0.0227	0.0589	0.0396	0.028	55.8263	46.2503	27.7491
3	63.5659	-31.1153	4.0136	20.9868	-7.9361	5.2679	-1.6508	-3.355	-0.5306	2.1934	1.0131	-0.7387	-0.059	-0.0286	0.6378	0.374	0.065	-0.1636	0.3058	0.0029	0.2178	67.4394	37.7821	39.2258
4	1.1632	1.5062	1.245	2.3145	1.8173	2.8132	-0.0819	-0.004	0.0456	-0.0208	0.0517	-0.0874	-0.0859	0.0705	0.0302	0.0669	-0.0006	-0.0106	0.0633	0.0128	0.0503	56.1192	45.2363	30.9669
5	3.539	18.813	11.6703	35.0533	6.2229	7.1723	0.2831	-1.1311	-0.2661	-1.7951	-0.9089	0.2324	-0.4486	0.6317	0.6258	0.4643	0.0602	-0.0049	0.4203	0.0111	0.4055	50.1325	61.2437	30.5467
6	2.2757	1.0352	-0.1734	9.5013	-1.507	3.2544	0.1171	0.0882	0.2711	-0.2884	-0.2403	-0.4744	-0.396	0.2825	0.1232	0.0518	-0.0245	0.005	0.0936	0.04	0.0868	56.8084	42.3491	6.4545
7	17.7414	7.4269	-4.1608	11.3805	2.6932	34.5525	0.1178	-0.9621	1.5116	0.729	-1.2797	0.1903	-2.4362	-0.585	1.1619	0.4531	-0.0315	-0.1546	0.1805	0.0095	0.2416	57.0339	56.5932	18.7217
8	11.1206	2.7617	5.6943	5.8885	-4.5372	1.5413	0.0975	-0.0447	0.3859	-0.0771	-0.5607	-0.2281	-0.4218	0.3536	0.4632	0.2208	-0.0396	0.0199	0.0522	0.0306	0.1056	51.9043	53.3139	8.3398
9	1.7957	0.3944	-0.0386	4.6296	-0.1274	2.2184	0.0575	0.1379	0.2155	-0.2238	-0.0747	-0.4311	-0.4344	0.3291	0.0172	0.118	-0.0422	0.004	0.1202	0.0516	0.098	55.4957	46.4392	6.7409

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-3 - 1	14 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	2 - 19	19 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	20 - 26	37 - 43
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	27 - 115	44 - 132
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	116 - 123	133 - 140
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	1 - 19	18 - 36
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	20 - 26	37 - 43
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	27 - 29	44 - 46
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	30 - 116	47 - 133

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.182 / R_factor R_work: 0.163

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.57

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.227 / R_factor R_work: 0.185

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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