[日本語] English
万見
- PDB-1poz: SOLUTION STRUCTURE OF THE HYALURONAN BINDING DOMAIN OF HUMAN CD44 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1poz
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE HYALURONAN BINDING DOMAIN OF HUMAN CD44
要素CD44 antigen
キーワードCELL ADHESION / HYALURONAN-BINDING DOMAIN / CARBOHYDRATE-BINDING DOMAIN / LINK MODULE / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of monocyte aggregation / Hyaluronan uptake and degradation / hyaluronic acid binding / neutrophil degranulation / monocyte aggregation / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / regulation of lamellipodium morphogenesis / hyaluronan catabolic process / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion ...positive regulation of monocyte aggregation / Hyaluronan uptake and degradation / hyaluronic acid binding / neutrophil degranulation / monocyte aggregation / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / regulation of lamellipodium morphogenesis / hyaluronan catabolic process / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / cartilage development / wound healing, spreading of cells / cytokine receptor activity / leukocyte migration / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / plasma membrane => GO:0005886 / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / lamellipodium membrane / microvillus / extracellular matrix disassembly / Integrin cell surface interactions / type II interferon-mediated signaling pathway / collagen binding / T cell activation / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / cell-matrix adhesion / secretory granule membrane / cell projection / Cell surface interactions at the vascular wall / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / cell-cell adhesion / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Interferon gamma signaling / cell migration / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / basolateral plasma membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / inflammatory response / apical plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CD44 antigen / CD44 antigen-like / Link domain / Extracellular link domain / Link domain signature. / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
CD44 antigen / CD44 antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics simulated annealing refinement by molecular dynamics
データ登録者Teriete, P. / Banerji, S. / Blundell, C.D. / Kahmann, J.D. / Pickford, A.R. / Wright, A.J. / Campbell, I.D. / Jackson, D.G. / Day, A.J.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Structure of the Regulatory Hyaluronan Binding Domain in the Inflammatory Leukocyte Homing Receptor CD44.
著者: Teriete, P. / Banerji, S. / Noble, M. / Blundell, C.D. / Wright, A.J. / Pickford, A.R. / Lowe, E. / Mahoney, D.J. / Tammi, M.I. / Kahmann, J.D. / Campbell, I.D. / Day, A.J. / Jackson, D.G.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1989
タイトル: A lymphocyte molecule implicated in lymph node homing is a member of the cartilage link protein family.
著者: Stamenkovic, I. / Amiot, M. / Pesando, J.M. / Seed, B.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1989
タイトル: A human lymphocyte homing receptor, the hermes antigen, is related to cartilage proteoglycan core and link proteins.
著者: A Goldstien, L. / Zhou, D.F.H. / Picker, L.J. / Minty, C.N. / Bargatze, R.F. / Din, J.F. / Butcher, E.C.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1990
タイトル: CD44 is the principal cell surface receptor for hyaluronate.
著者: Aruffo, A. / Stamenkovic, I. / Melnick, M. / Underhill, C.B. / Seed, B.
#4: ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 1993
タイトル: Identification of hyaluronic acid binding sites in the extracellular domain of CD44.
著者: Peach, R.J. / Hollenbaugh, D. / Stamenkovic, I. / Aruffo, A.
#5: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Solution Structure of the Link Module: A Hyaluronan-Binding Domain Involved in Extracellular Matrix Stability and Cell Migration
著者: Kohda, D. / Morton, C.J. / Parkar, A.A. / Hatanaka, H. / Inagaki, F.M. / Campbell, I.D. / Day, A.J.
#6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Identification of CD44 residues important for hyaluronan binding and delineation of the binding site
著者: Bajorath, J. / Greenfield, B. / Munro, S.B. / Day, A.J. / Aruffo, A.
#7: ジャーナル: Cancer Res. / 年: 1998
タイトル: Site-specific de-N-glycosylation of CD44 can activate hyaluronan binding, and CD44 activation states show distinct threshold densities for hyaluronan binding
著者: English, N.M. / Lesley, J.F. / Hyman, R.
#8: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1998
タイトル: Characterization of a functional hyaluronan-binding domain from the human CD44 molecule expressed in Escherichia coli
著者: Banerji, S. / Day, A.J. / Kahmann, J.D. / Jackson, D.G.
履歴
登録2003年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年10月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.solvent_system / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CD44 antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6011
ポリマ－17,6011
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 CD44 antigen / Phagocytic glycoprotein I / PGP-1 / HUTCH-I / Extracellular matrix receptor-III / ECMR-III / GP90 ...Phagocytic glycoprotein I / PGP-1 / HUTCH-I / Extracellular matrix receptor-III / ECMR-III / GP90 lymphocyte homing/adhesion receptor / Hermes antigen / Hyaluronate receptor / Heparan sulfate proteoglycan / Epican / CDw44


分子量: 17601.486 Da / 分子数: 1 / 断片: HYALURONAN BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD44 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q16208, UniProt: P16070*PLUS

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1242D NOESY
1352D NOESY
1442D TOCSY
152HMQC-J
161CBCA(CO)NH
173NH-Exchange HSQC

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-13C; U-15N] protein, 95% H2O/5% D2Osample_195% H2O/5% D2O
solution21 mM [U-15N] protein, 95% H2O/5% D2Osample_295% H2O/5% D2O
solution31 mM [U-15N] protein, 100% D2Osample_3100% D2O
solution41 mM protein, 95% H2O/5% D2Osample_495% H2O/5% D2O
solution51 mM protein, 100% D2Osample_5100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMprotein[U-13C; U-15N]1
1 mMprotein[U-15N]2
1 mMprotein[U-15N]3
1 mMproteinnatural abundance4
1 mMproteinnatural abundance5
試料状態イオン強度: <5mM / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
GE OMEGAGEOMEGA7501
GE OMEGAGEOMEGA6002
GE OMEGAGEOMEGA5003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, A.T.構造決定
Felix2.3MSI, San Diego解析
SOPHIE1Pickford, A.R.構造決定
Sparky2Goddard, T.D.データ解析
XEASY3.13Xia, Tデータ解析
SOPHIE1Pickford, A.R.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics simulated annealing refinement by molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are calculated from 2271 restraints, 2168 are NOE based, 47 dihedral constraints and 56 distance restraints from hydrogen bonds
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る