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- PDB-3fpw: Crystal Structure of HbpS with bound iron -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fpw
タイトルCrystal Structure of HbpS with bound iron
要素Extracellular haem-binding protein
キーワードHEME binding protein / haem binding (ヘム)
機能・相同性
機能・相同性情報


Haem-degrading domain / Corrinoid adenosyltransferase PduO/GlcC-like / Corrinoid adenosyltransferase PduO/GlcC-like superfamily / Haem degrading protein HbpS-like / Β-ラクタマーゼ / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リン酸塩 / Extracellular haem-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces reticuli (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Ortiz de Orue Lucana, D. / Bogel, G. / Zou, P. / Groves, M.R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The oligomeric assembly of the novel haem-degrading protein HbpS is essential for interaction with its cognate two-component sensor kinase
著者: Ortiz de Orue Lucana, D. / Bogel, G. / Zou, P. / Groves, M.R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Crystallization and preliminary characterization of a novel haem-binding protein of Streptomyces reticuli
著者: Zou, P. / Groves, M.R. / Viale-Bouroncle, S.D. / Ortiz de Orue Lucana, D.
履歴
登録2009年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular haem-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4137
ポリマ－18,9211
非ポリマー4926
水2,396133
1
A: Extracellular haem-binding protein
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,30256
ポリマ－151,3708
非ポリマー3,93348
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation6_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area31080 Å2
ΔGint-360 kcal/mol
Surface area36130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.940, 77.940, 79.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-157-

FE

21A-227-

HOH

31A-292-

HOH

詳細BIOPHYSICAL EXPERIMENTS INDICATE THAT THE IN VITRO SOLUTION STATE IS OCTOMERIC

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要素

#1: タンパク質 Extracellular haem-binding protein / HBPS


分子量: 18921.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces reticuli (バクテリア)
遺伝子: hbpS / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9RIM2
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.605033 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.36606 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 40% w/v PEG 400, 5% w/v PEG 3000, 100mM MES pH 5.8; Protein concentration of 14 mg/ml and preincubated with haemin, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月12日
放射モノクロメーター: Silicon (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 16602 / Num. obs: 16582 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20.23 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 28.73
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 85.17 % / Rmerge(I) obs: 0.721 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 2712 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.4.0077精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FPV

3fpv


解像度: 1.6→18.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 3.207 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): -3 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18911 837 5 %RANDOM
Rwork0.15423 ---
all0.156 16602 --
obs0.156 15744 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.342 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→18.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1020 0 22 133 1175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.88
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.969
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 50 -
Rwork0.191 1140 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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