PDB-3fpv: Crystal Structure of HbpS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fpv

タイトル

Crystal Structure of HbpS

要素

Extracellular haem-binding protein

キーワード

HEME binding protein / haem binding

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Haem-degrading domain / Corrinoid adenosyltransferase PduO/GlcC-like / Corrinoid adenosyltransferase PduO/GlcC-like superfamily / Haem degrading protein HbpS-like / Beta-Lactamase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Streptomyces reticuli (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Ortiz de Orue Lucana, D. / Bogel, G. / Zou, P. / Groves, M.R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The oligomeric assembly of the novel haem-degrading protein HbpS is essential for interaction with its cognate two-component sensor kinase
著者: Ortiz de Orue Lucana, D. / Bogel, G. / Zou, P. / Groves, M.R.

履歴

登録	2009年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fpv.cif.gz	216.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fpv.ent.gz	172.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fpv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fpv_validation.pdf.gz	457.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fpv_full_validation.pdf.gz	472.1 KB	表示
XML形式データ	3fpv_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	3fpv_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/3fpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/3fpv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fpwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nkp-1 3fpw-1 4bmw-1 1omr-2 3lsu-d 6bws-2 1kcw-d 2j5w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Extracellular haem-binding protein

B: Extracellular haem-binding protein

C: Extracellular haem-binding protein

D: Extracellular haem-binding protein

E: Extracellular haem-binding protein

F: Extracellular haem-binding protein

G: Extracellular haem-binding protein

H: Extracellular haem-binding protein

ヘテロ分子

152 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.522, 152.522, 152.522
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 16 - 154 / Label seq-ID: 52 - 190

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H

詳細

BIOPHYSICAL EXPERIMENTS INDICATE THAT THE IN VITRO SOLUTION STATE IS OCTOMERIC

#1: タンパク質	Extracellular haem-binding protein / HBPS 分子量: 18921.221 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces reticuli (バクテリア) 遺伝子: hbpS / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9RIM2
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 40% w/v PEG 400, 5% w/v PEG 3000, 100mM MES pH 5.8; Protein concentration of 14 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9778 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月2日
放射	モノクロメーター: Silicon (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 60060 / Num. obs: 59161 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.18 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 12.63
反射シェル	解像度: 2.2→2.4 Å / 冗長度: 2.92 % / R_merge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 3.56 / Num. unique all: 12979 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: Br Phases

解像度: 2.2→19.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 14.24 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): -3 / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26429	2915	5 %	RANDOM
R_work	0.20149	-	-	-
all	0.20461	60060	-	-
obs	0.20461	55408	99.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.795 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7976	0	8	513	8497

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.022	8096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.358	1.964	11024
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	35.225	5	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.754	23.514	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.632	15	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.164	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.021	0.2	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.001	0.02	6192
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.3	4275
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.5	5649
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.5	839
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.208	0.3	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.213	0.5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.131	1.5	5608
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.239	2	8752
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.235	3	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.446	4.5	2272

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	556	tight positional	0.12	0.5
2	B	556	tight positional	0.11	0.5
3	C	556	tight positional	0.13	0.5
4	D	556	tight positional	0.13	0.5
5	E	556	tight positional	0.15	0.5
6	F	556	tight positional	0.18	0.5
7	G	556	tight positional	0.12	0.5
8	H	556	tight positional	0.13	0.5
1	A	426	loose positional	0.45	10
2	B	426	loose positional	0.35	10
3	C	426	loose positional	0.45	10
4	D	426	loose positional	0.49	10
5	E	426	loose positional	0.5	10
6	F	426	loose positional	0.57	10
7	G	426	loose positional	0.47	10
8	H	426	loose positional	0.38	10
1	A	556	tight thermal	0.5	10
2	B	556	tight thermal	0.62	10
3	C	556	tight thermal	0.44	10
4	D	556	tight thermal	0.48	10
5	E	556	tight thermal	2.47	10
6	F	556	tight thermal	0.87	10
7	G	556	tight thermal	0.61	10
8	H	556	tight thermal	1.61	10
1	A	426	loose thermal	0.67	50
2	B	426	loose thermal	0.77	50
3	C	426	loose thermal	0.54	50
4	D	426	loose thermal	0.63	50
5	E	426	loose thermal	2.58	50
6	F	426	loose thermal	0.93	50
7	G	426	loose thermal	0.73	50
8	H	426	loose thermal	1.78	50

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.454	146	-
R_work	0.377	2780	-
obs	-	-	89.29 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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