[日本語] English
万見
- PDB-1pok: Crystal structure of Isoaspartyl Dipeptidase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pok
タイトルCrystal structure of Isoaspartyl Dipeptidase
要素Isoaspartyl dipeptidase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / beta-aspartyl-peptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isoaspartyl-dipeptidase / Peptidase M38, beta-aspartyl dipeptidase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase ...Isoaspartyl-dipeptidase / Peptidase M38, beta-aspartyl dipeptidase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ASPARAGINE / Isoaspartyl dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jozic, D. / Kaiser, J.T. / Huber, R. / Bode, W. / Maskos, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: X-ray structure of isoaspartyl dipeptidase from E.coli: a dinuclear zinc peptidase evolved from amidohydrolases.
著者: Jozic, D. / Kaiser, J.T. / Huber, R. / Bode, W. / Maskos, K.
履歴
登録2003年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月5日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月30日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Isoaspartyl dipeptidase
A: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,05410
ポリマ－82,3362
非ポリマー7188
水1,60389
1
B: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5275
ポリマ－41,1681
非ポリマー3594
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5275
ポリマ－41,1681
非ポリマー3594
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子

A: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子

A: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子

A: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子

B: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子

B: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子

B: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子

B: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,21440
ポリマ－329,3428
非ポリマー2,87232
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_645-y+3/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_565y+1/2,-x+3/2,z1
crystal symmetry operation5_646-x+3/2,y-1/2,-z+11
crystal symmetry operation6_566x+1/2,-y+3/2,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_766-y+2,-x+1,-z+11
Buried area32350 Å2
ΔGint-853 kcal/mol
Surface area88490 Å2
手法PISA
4
A: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子

B: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,05410
ポリマ－82,3362
非ポリマー7188
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area2990 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area27220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.475, 117.475, 137.955
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

-
要素

#1: タンパク質 Isoaspartyl dipeptidase


分子量: 41167.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P39377, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ASN / ASPARAGINE / アスパラギン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8N2O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.42 %

-
データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→20 Å / Rfactor Rfree: 0.266 / Rfactor Rwork: 0.209
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5534 0 32 89 5655

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る