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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pnc | ||||||
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タイトル | ACCURACY AND PRECISION IN PROTEIN CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS: TWO INDEPENDENT REFINEMENTS OF THE STRUCTURE OF POPLAR PLASTOCYANIN AT 173K | ||||||
![]() | PLASTOCYANIN | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | ![]() electron transporter, transferring electrons from cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / chloroplast thylakoid lumen / chloroplast thylakoid membrane / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fields, B.A. / Guss, J.M. / Freeman, H.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Accuracy and precision in protein crystal structure analysis: two independent refinements of the structure of poplar plastocyanin at 173 K. 著者: Fields, B.A. / Bartsch, H.H. / Bartunik, H.D. / Cordes, F. / Guss, J.M. / Freeman, H.C. #1: ![]() タイトル: Accuracy and Precision in Protein Structure Analysis: Restrained Least-Squares Refinement of the Structure of Poplar Plastocyanin at 1.33 Angstroms Resolution 著者: Guss, J.M. / Bartunik, H.D. / Freeman, H.C. #2: ![]() タイトル: Structure of Oxidised Poplar Plastocyanin at 1.6 Angstroms Resolution 著者: Guss, J.M. / Freeman, H.C. #3: ![]() タイトル: X-Ray Crystal Structure Analysis of Plastocyanin at 2.7 Angstroms Resolution 著者: Colman, P.M. / Freeman, H.C. / Guss, J.M. / Murata, M. / Norris, V.A. / Ramshaw, J.A.M. / Venkatappa, M.P. #4: ![]() タイトル: Preliminary Crystallographic Data for a Copper Containing Protein, Plastocyanin 著者: Chapman, G.V. / Colman, P.M. / Freeman, H.C. / Guss, J.M. / Murata, M. / Norris, V.A. / Ramashaw, J.A.M. / Venkatappa, M.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 16 / 2: CIS PROLINE - PRO 36 3: THE LIGANDS OF THE CU ATOM ARE ND1 (HIS 37), SG (CYS 84), ND1 (HIS 87), AND SD (MET 92). |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10493.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P00299 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CU / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.48 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法詳細: taken from Chapman, G.V. et al (1977). J. Mol. Biol., 110, 187-189. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.6→6 Å 詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED INDEPENDENTLY IN SYDNEY USING PROLSQ AND IN HAMBURG USING EREF. THE STRUCTURES WERE COMPARED ONLY AFTER THE REFINEMENTS WERE COMPLETE.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 7393 / Rfactor obs: 0.132 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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