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万見
- PDB-1pl5: Crystal Structure Analysis of the Sir4p C-terminal Coiled Coil -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pl5
タイトルCrystal Structure Analysis of the Sir4p C-terminal Coiled Coil
要素Regulatory protein SIR4
キーワードDNA binding protein/Transcription / parallel coiled coil homodimer / DNA binding protein-Transcription COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of protein-containing complex localization to telomere / telomere tethering at nuclear periphery / chromatin silencing complex / silent mating-type cassette heterochromatin formation / positive regulation of heterochromatin formation / subtelomeric heterochromatin formation / nucleosome binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / heterochromatin formation / double-stranded DNA binding ...establishment of protein-containing complex localization to telomere / telomere tethering at nuclear periphery / chromatin silencing complex / silent mating-type cassette heterochromatin formation / positive regulation of heterochromatin formation / subtelomeric heterochromatin formation / nucleosome binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / heterochromatin formation / double-stranded DNA binding / molecular adaptor activity / chromosome, telomeric region
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / Sir4, SID domain / Sir4 SID domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein SIR4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Murphy, G.A. / Spedale, E.J. / Powell, S.T. / Pillus, L. / Schultz, S.C. / Chen, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The Sir4 C-terminal coiled coil is required for telomeric and mating type silencing in Saccharomyces cerevisiae.
著者: Murphy, G.A. / Spedale, E.J. / Powell, S.T. / Pillus, L. / Schultz, S.C. / Chen, L.
履歴
登録2003年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein SIR4
S: Regulatory protein SIR4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9182
ポリマ－31,9182
非ポリマー00
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area10880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.884, 108.884, 75.342
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein SIR4 / Silent information regulator 4


分子量: 15958.884 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1217-1358 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SIR4 / プラスミド: pKKT7E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P11978
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: calcium chloride, sodium chloride, Tris, ethylene glycol, sodium azide, dithiothreitol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→26.15 Å / Num. all: 29662 / Num. obs: 28687 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.16 / Num. unique all: 2957 / Rsym value: 0.61 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 2.5→26.15 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.288 1684 random
Rwork0.261 --
obs0.261 17291 -
all-19380 -
原子変位パラメータBiso mean: 46.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→26.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1171 0 0 40 1211
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.53 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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