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万見
- PDB-1pid: BOVINE DESPENTAPEPTIDE INSULIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pid
タイトルBOVINE DESPENTAPEPTIDE INSULIN
要素(DESPENTAPEPTIDE INSULIN) x 2
キーワードHORMONE / GLUCOSE METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


estradiol secretion / positive regulation of blood circulation / negative regulation of lactation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / response to butyrate / negative regulation of appetite ...estradiol secretion / positive regulation of blood circulation / negative regulation of lactation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / response to butyrate / negative regulation of appetite / feeding behavior / response to growth hormone / response to food / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of peptide hormone secretion / protein secretion / negative regulation of lipid catabolic process / response to glucose / positive regulation of protein secretion / insulin receptor binding / response to nutrient levels / positive regulation of insulin secretion / hormone activity / glucose metabolic process / glucose homeostasis / response to heat / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Holden, P.H. / Papiz, M. / Dodson, G.G.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1997
タイトル: A model of insulin fibrils derived from the x-ray crystal structure of a monomeric insulin (despentapeptide insulin).
著者: Brange, J. / Dodson, G.G. / Edwards, D.J. / Holden, P.H. / Whittingham, J.L.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1983
タイトル: Molecular Replacement Studies on Crystal Forms of Despentapeptide Insulin
著者: Bi, R.-C. / Cutfield, S.M. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Giordano, F. / Reynolds, C.D. / Tolley, S.P.
履歴
登録1995年11月22日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DESPENTAPEPTIDE INSULIN
B: DESPENTAPEPTIDE INSULIN
C: DESPENTAPEPTIDE INSULIN
D: DESPENTAPEPTIDE INSULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3644
ポリマ－10,3644
非ポリマー00
水1,62190
1
A: DESPENTAPEPTIDE INSULIN
B: DESPENTAPEPTIDE INSULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1822
ポリマ－5,1822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DESPENTAPEPTIDE INSULIN
D: DESPENTAPEPTIDE INSULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1822
ポリマ－5,1822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.700, 26.180, 51.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC1211
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-98-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99439, 0.035258, 0.099728), (-0.045704, 0.993476, 0.10448), (-0.095394, -0.108451, 0.989514)
ベクター: -5.47395, -1.22199, 27.14091)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド DESPENTAPEPTIDE INSULIN


分子量: 2339.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01317
#2: タンパク質・ペプチド DESPENTAPEPTIDE INSULIN


分子量: 2842.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01317
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.43 %
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
20.02 MTris-HCl115.0ml
30.05 Mtrisodium citrate115.0ml
440 %satammonium sulfate111.5ml
60.1 Mcitric acid11
1depentapeptide insulin1115 mg
5acetone111.5ml

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
Num. obs: 31367 / % possible obs: 90.7 %

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.3→25.4 Å / σ(F): 0 /
反射数%反射
obs16916 90.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→25.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数730 0 0 90 820
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.030.06
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.2593
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.443.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.5273
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.4753.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.080.1
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.160.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.270.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.310.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.420
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor14.420
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor16.320
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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