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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pi3 | ||||||
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タイトル | E28Q mutant Benzoylformate Decarboxylase From Pseudomonas Putida | ||||||
要素 | Benzoylformate decarboxylase | ||||||
キーワード | LYASE / DECARBOXYLASE / MANDELATE CATABOLISM / THIAMIN DIPHOSPHATE / MUTANT / HIGH RESOLUTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 benzoylformate decarboxylase / benzoylformate decarboxylase activity / mandelate catabolic process / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Bera, A.K. / Hasson, M.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: High resolution structure of Benzoylformate Decarboxylate E28Q mutant 著者: Bera, A.K. / Hasson, M.S. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: STRUCTURAL AND KINETIC ANALYSIS OF CATALYSIS BY A THIAMIN DIPHOSPHATE-DEPENDENT ENZYME, BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE 著者: POLOVNIKOVA, E.S. / McLeish, M.J. / Sergienko, E.A. / Burgner, J.T. / Anderson, N.L. / BERA, A.K. / Jordan, F. / Kenyon, G.L. / HASSON, M.S. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: THE CRYSTAL STRUCTURE OF BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE AT 1.6 A RESOLUTION: DIVERSITY OF CATALYTIC RESIDUES IN THIAMIN DIPHOSPHATE-DEPENDENT ENZYMES 著者: HASSON, M.S. / Muscate, A. / McLeish, M.J. / POLOVNIKOVA, E.S. / Gerlt, J.A. / Kenyon, G.L. / Petsko, G.A. / Ringe, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pi3.cif.gz | 128.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pi3.ent.gz | 95.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pi3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1pi3_validation.pdf.gz | 697.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1pi3_full_validation.pdf.gz | 702.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1pi3_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1pi3_validation.cif.gz | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/1pi3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/1pi3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1bfdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56401.762 Da / 分子数: 1 / 変異: E28Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: MDLC / プラスミド: pRep7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RF4738 / 参照: UniProt: P20906, benzoylformate decarboxylase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-TZD / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.61 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 8.5 詳細: 22% PEG 400, 0.15 M CaCl2, 0.5% MPD, 0.1 M TRIS-Cl (pH 8.5), 0.1 mM MgCl2, 0.2 mM TZD, 25 mM NA-HEPES (pH 7.0) VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 8.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月25日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→20 Å / Num. obs: 137252 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 10.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.281 / % possible all: 74.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BFD 解像度: 1.2→20 Å / Num. parameters: 40857 / Num. restraintsaints: 49155 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF)
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 7 / Occupancy sum hydrogen: 3825.35 / Occupancy sum non hydrogen: 4406.93
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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