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- PDB-1pho: CRYSTAL STRUCTURES EXPLAIN FUNCTIONAL PROPERTIES OF TWO E. COLI PORINS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pho
タイトルCRYSTAL STRUCTURES EXPLAIN FUNCTIONAL PROPERTIES OF TWO E. COLI PORINS
要素PHOSPHOPORIN
キーワードOUTER MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Porin domain, Gram-negative type / Gram-negative porin / Porin, Gram-negative type / Porin / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane porin PhoE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Schirmer, T. / Cowan, S.W. / Jansonius, J.N.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Crystal structures explain functional properties of two E. coli porins.
著者: Cowan, S.W. / Schirmer, T. / Rummel, G. / Steiert, M. / Ghosh, R. / Pauptit, R.A. / Jansonius, J.N. / Rosenbusch, J.P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Trigonal Crystals of Porin from Escherichia Coli
著者: Pauptit, R.A. / Zhang, H. / Rummel, G. / Schirmer, T. / Jansonius, J.N. / Rosenbusch, J.P.
#2: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1991
タイトル: A Common Channel-Forming Motif in Evolutionarily Distant Porins
著者: Pauptit, R.A. / Schirmer, T. / Jansonius, J.N. / Rosenbusch, J.P. / Parker, M.W. / Tucker, A.D. / Tsernoglou, D. / Weiss, M.S. / Schulz, G.E.
履歴
登録1993年1月15日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOPORIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8711
ポリマ－36,8711
非ポリマー00
水00
1
A: PHOSPHOPORIN

A: PHOSPHOPORIN

A: PHOSPHOPORIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,6143
ポリマ－110,6143
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area8560 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area40730 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)119.900, 119.900, 51.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Atom site foot note1: THE FOLLOWING RESIDUES COULD NOT BE MODELLED DUE TO WEAK OR NONEXISTENT ELECTRON DENSITY AND ARE INCLUDED IN THE MODEL IN AN ARBITRARY CONFORMATION ONLY FOR CONVENIENCE: ASP 25, ASN 26, ALA 32, ...1: THE FOLLOWING RESIDUES COULD NOT BE MODELLED DUE TO WEAK OR NONEXISTENT ELECTRON DENSITY AND ARE INCLUDED IN THE MODEL IN AN ARBITRARY CONFORMATION ONLY FOR CONVENIENCE: ASP 25, ASN 26, ALA 32, SER 33, ASP 181, PHE 182, GLY 183, ASP 184, ASN 198, GLU 199, SER 204, GLY 249, ASP 319, SER 320, AND ASP 321.

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOPORIN


分子量: 36871.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02932
配列の詳細THESE COORDINATES ARE IN AN INTERMEDIATE STAGE OF REFINEMENT AND WILL BE UPDATED SOON. THE RESIDUE ...THESE COORDINATES ARE IN AN INTERMEDIATE STAGE OF REFINEMENT AND WILL BE UPDATED SOON. THE RESIDUE NUMBERING IS BASED ON THE HOMOLOGOUS MATRIX PORIN (OMPF). CONSEQUENTLY, THERE ARE GAPS IN THE NUMBERING (27-31,75-76,242-247) AND INSERTIONS (121A,183A AND 183B).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.88 %
結晶化
*PLUS
pH: 9.8 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
20.05 MTris-HCl1reservoir
30.6 %(w/w)n-octyl-2-hydroxyethylsulfoxide1reservoir
40.1 %octylPOE1reservoir
50.7 M1reservoirMgCl2
66 %(w/w)PEG20001reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Num. obs: 8685 / % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.09

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3→8 Å / Rfactor Rwork: 0.222 / Rfactor obs: 0.222
詳細: ATOMS THAT ARE NOT WELL DEFINED DUE TO POOR ELECTRON DENSITY HAVE A WEIGHT OF ZERO. THE FOLLOWING RESIDUES COULD NOT BE MODELLED DUE TO WEAK OR NONEXISTENT ELECTRON DENSITY AND ARE INCLUDED ...詳細: ATOMS THAT ARE NOT WELL DEFINED DUE TO POOR ELECTRON DENSITY HAVE A WEIGHT OF ZERO. THE FOLLOWING RESIDUES COULD NOT BE MODELLED DUE TO WEAK OR NONEXISTENT ELECTRON DENSITY AND ARE INCLUDED IN THE MODEL IN AN ARBITRARY CONFORMATION ONLY FOR CONVENIENCE: 25-33 181-184 198-199 204 249 319-321
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2602 0 0 0 2602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.222
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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