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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pgu | ||||||
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タイトル | YEAST ACTIN INTERACTING PROTEIN 1 (AIP1), Se-Met PROTEIN, MONOCLINIC CRYSTAL FORM | ||||||
![]() | Actin interacting protein 1 | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of cytokinesis / actin cortical patch / Platelet degranulation / mating projection tip / barbed-end actin filament capping / actin filament depolymerization / cortical actin cytoskeleton / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Voegtli, W.C. / Madrona, A.Y. / Wilson, D.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of Aip1p, a WD repeat protein that regulates Cofilin-mediated actin depolymerization. 著者: Voegtli, W.C. / Madrona, A.Y. / Wilson, D.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 245.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 204.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67696.664 Da / 分子数: 2 / 変異: H530R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: AIP1 OR YMR092C OR YM9582.17C / プラスミド: pTyb4 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15% PEG 4000, 100mM NaCl, 100mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月2日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→25 Å / Num. all: 56411 / Num. obs: 55092 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / % possible all: 94.1 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 51350 / % possible obs: 90.9 % / Num. measured all: 192792 / Rmerge(I) obs: 0.069 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.34 Å / % possible obs: 93.1 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 詳細: refined with restrained non-crystallographic symmetry during the first few rounds of refinement, then all ncs released
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 24.5142 Å2 / ksol: 0.336574 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. reflection obs: 55092 / Rfactor Rwork![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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