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- PDB-1pew: High Resolution Crystal Structure of Jto2, a mutant of the non-am... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pew
タイトルHigh Resolution Crystal Structure of Jto2, a mutant of the non-amyloidogenic Lamba6 Light Chain, Jto
要素Jto2, a LAMBDA-6 TYPE IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / Beta Sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Immunoglobulin lambda variable 6-57 / Immunoglobulin lambda variable 6-57
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Dealwis, C. / Gupta, V. / Wilkerson, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Recog. / 年: 2004
タイトル: Structural basis of light chain amyloidogenicity: comparison of the thermodynamic properties, fibrillogenic potential and tertiary structural features of four V(lambda)6 proteins
著者: Wall, J.S. / Gupta, V. / Wilkerson, M. / Schell, M. / Loris, R. / Adams, P. / Solomon, A. / Stevens, F. / Dealwis, C.
履歴
登録2003年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Jto2, a LAMBDA-6 TYPE IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN
B: Jto2, a LAMBDA-6 TYPE IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2486
ポリマ－23,7982
非ポリマー4504
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Jto2, a LAMBDA-6 TYPE IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN
B: Jto2, a LAMBDA-6 TYPE IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN
ヘテロ分子

A: Jto2, a LAMBDA-6 TYPE IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN
B: Jto2, a LAMBDA-6 TYPE IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,49512
ポリマ－47,5964
非ポリマー8998
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554-x,y,-z-11
Buried area5200 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA, PQS
3
B: Jto2, a LAMBDA-6 TYPE IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN
ヘテロ分子

B: Jto2, a LAMBDA-6 TYPE IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN
ヘテロ分子

A: Jto2, a LAMBDA-6 TYPE IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN
ヘテロ分子

A: Jto2, a LAMBDA-6 TYPE IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,49512
ポリマ－47,5964
非ポリマー8998
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_524x,-y-3,-z-1/21
crystal symmetry operation2_525-x,-y-3,z+1/21
crystal symmetry operation5_554-x,y,-z-11
Buried area3780 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area20810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.577, 73.577, 92.298
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP4122

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要素

#1: 抗体 Jto2, a LAMBDA-6 TYPE IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN / immunoglobulin lambda light chain VLJ region


分子量: 11898.972 Da / 分子数: 2 / 断片: IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN / 変異: D29A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Jto / プラスミド: pET-27b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21DE3 / 参照: UniProt: P06317, UniProt: P01721*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M Na Acetate, 0.8M Amm. Sulfate, 100mM Cadmium chloride, 10% n-Decyl-B-D-maltoside, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 2001年9月15日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→15 Å / Num. all: 32368 / Num. obs: 31495 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.3 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 3339 / Rsym value: 0.515 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CD0

1cd0


解像度: 1.6→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 3.385 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27291 1633 4.9 %RANDOM
Rwork0.2522 ---
all0.295 ---
obs0.2533 31495 97.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.751 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1647 0 4 104 1755
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0211687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.291.9392288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9625212
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021318
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.2777
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.23
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2340.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3340.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3520.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.531.51070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.90421727
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5653617
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2344.5561
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.371 109
Rwork0.356 2114
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.40540.0468-0.22153.30520.63533.7139-0.172-0.2481-0.25590.0664-0.04740.09790.11940.04040.21940.1128-0.00180.01690.00110.00850.078111.9083-100.4335-60.9006
28.3907-0.0137-4.75092.8506-0.92836.37370.81330.80940.77870.2501-0.09720.2009-0.951-0.8149-0.71610.24950.19530.11790.26270.15440.16868.0555-117.2196-37.5231
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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