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- PDB-1pe6: REFINED X-RAY STRUCTURE OF PAPAIN(DOT)E-64-C COMPLEX AT 2.1-ANGST... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pe6
タイトルREFINED X-RAY STRUCTURE OF PAPAIN(DOT)E-64-C COMPLEX AT 2.1-ANGSTROMS RESOLUTION
要素PAPAIN
キーワードHYDROLASE (SULFHYDRYL PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


papain / serpin family protein binding / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E6C / METHANOL / Papain
類似検索 - 構成要素
生物種Carica papaya (パパイア)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yamamoto, D. / Matsumoto, K. / Ohishi, H. / Ishida, T. / Inoue, M. / Kitamura, K. / Mizuno, H.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: Refined x-ray structure of papain.E-64-c complex at 2.1-A resolution.
著者: Yamamoto, D. / Matsumoto, K. / Ohishi, H. / Ishida, T. / Inoue, M. / Kitamura, K. / Mizuno, H.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1989
タイトル: Mode of Binding of E-64-C, a Potent Thiol Protease Inhibitor, to Papain as Determined by X-Ray Crystal Analysis of the Complex
著者: Matsumoto, K. / Yamamoto, D. / Ohishi, H. / Tomoo, K. / Ishida, T. / Inoue, M. / Sadatome, T. / Kitamura, K. / Mizuno, H.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1990
タイトル: The Importance of Val-157 Hydrophobic Interaction for Papain Inhibitory Activity of an Epoxysuccinyl Amino Acid Derivative; a Structure-Activity Relationship Based on the Crystal ...タイトル: The Importance of Val-157 Hydrophobic Interaction for Papain Inhibitory Activity of an Epoxysuccinyl Amino Acid Derivative; a Structure-Activity Relationship Based on the Crystal Structure of the Papain-E-64-C Complex
著者: Yamamoto, D. / Matsumoto, K. / Ohishi, H. / Ishida, T. / Inoue, M. / Kitamura, K. / Mizuno, H.
履歴
登録1991年5月14日処理サイト: BNL
改定 1.01993年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE ...SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. STRANDS 4, 5, 6 OF S1A ARE IDENTICAL TO STRANDS 2, 3, 4 OF SHEET S1B.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PAPAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,21416
ポリマ－23,4491
非ポリマー76515
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.900, 95.510, 49.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUE PRO 152 IS A CIS PROLINE. / 2: SEE REMARK 6.

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要素

#1: タンパク質 PAPAIN


分子量: 23449.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Carica papaya (パパイア) / 参照: UniProt: P00784, papain
#2: 化合物 ChemComp-E6C / N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-2-METHYL-BUTANE


分子量: 316.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28N2O5
#3: 化合物
ChemComp-MOH / METHANOL / ヒドロキシメチリジンラジカル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE SG ATOM OF CYS 25, THE CATALYTIC CENTER OF PAPAIN, COVALENTLY BONDS TO THE C2 ATOM OF E-64-C, ...THE SG ATOM OF CYS 25, THE CATALYTIC CENTER OF PAPAIN, COVALENTLY BONDS TO THE C2 ATOM OF E-64-C, AND THE LEUCYL AND ISOAMYLAMIDE GROUPS OF E-64-C INTERACT WITH THE RESIDUES OF PAPAIN S SUBSITES. NOTE ESPECIALLY THAT A HYDROGEN BONDING PAIR, FASHIONED LIKE A PARALLEL BETA-SHEET, IS FORMED BETWEEN THE PEPTIDE MOIETIES OF E-64-C AND RESIDUE GLY 66. THE CRYSTALS USED IN THIS STUDY ARE OF THE D TYPE.
非ポリマーの詳細E6C IS (2S,3S)-3-(1-(N-(3-METHYLBUTYL)AMINO)- LEUCYLCARBOXYL)OXIRANE-2-CARBOXYLATE. THIS COMPOUND ...E6C IS (2S,3S)-3-(1-(N-(3-METHYLBUTYL)AMINO)- LEUCYLCARBOXYL)OXIRANE-2-CARBOXYLATE. THIS COMPOUND WAS DESIGNED FROM THE NATURAL PRODUCT E-64. E-64-C CONSISTS OF L-TRANSEPOXYSUCCINYL, L-LEUCYL, AND ISOAMYLAMIDE MOIETIES, AND THE CARBON ATOMS OF THE EPOXY RING HAVE AN R CONFIGURATION IN THIS COMPLEX. NOTE THAT THE BOND BETWEEN ATOMS O1 AND C2 IS BROKEN WHEN E-64-C BINDS TO PAPAIN IN THIS STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.65 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.5 %(w/v)enzyme1drop
27.6 mM1dropNaCl
342.6 %(w/v)methanol1drop
421.3 %(w/v)ethanol1drop

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 12794 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Biso Wilson estimate: 11.1 Å2

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.1→6 Å /
Rfactor反射数
obs0.159 10168
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1655 0 50 181 1886
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.040.035
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0450.045
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.751
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.2511.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.8451
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.4821.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1590.14
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1860.25
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1720.25
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2430.25
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.43
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1825
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor2930
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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