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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p9y | ||||||
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タイトル | Ribosome binding of E. coli Trigger Factor mutant F44L. | ||||||
![]() | Trigger factor | ||||||
![]() | ISOMERASE / ALPHA-BETA PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() 'de novo' cotranslational protein folding / stress response to copper ion / protein unfolding / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein transport / ribosome binding / response to heat ...'de novo' cotranslational protein folding / stress response to copper ion / protein unfolding / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein transport / ribosome binding / response to heat / cell cycle / cell division / identical protein binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kristensen, O. / Gajhede, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Chaperone binding at the ribosomal exit tunnel. 著者: Kristensen, O. / Gajhede, M. #1: ![]() タイトル: L23 protein functions as a chaperone docking site on the ribosome. 著者: Kramer, G. / Rauch, T. / Rist, W. / Vorderwulbecke, S. / Patzelt, H. / Schulze-Specking, A. / Ban, N. / Deuerling, E. / Bukau, B. #2: ![]() タイトル: Localization of the Trigger Factor Binding Site on the Ribosomal 50S Subunit. 著者: Blaha, G. / Wilson, D.N. / Stoller, G. / Fischer, G. / Willumeit, R. / Nierhaus, K.H. #3: ![]() タイトル: Interaction of Trigger Factor with the Ribosome. 著者: Maier, R. / Eckert, B. / Scholz, C. / Lilie, H. / Schmid, F.X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | Each of the separate chains A and B represent a biological relevant unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13330.205 Da / 分子数: 2 / 断片: Ribosome binding domain / 変異: F44L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 2000 MME, AMMONIUM SULFATE, SODIUM ACETATE, TRIS, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 6 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月13日 |
放射 | モノクロメーター: Bendable asymmetrically cut Si(111) crystal in combination with vertically focusing cylindrical mirror. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→40 Å / Num. all: 14381 / Num. obs: 14381 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 25.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 1366 / Rsym value: 0.201 / % possible all: 96.7 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OMS 解像度: 2.15→35.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 348074.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Refinement was vased on the "MLF"target function and strong NCS restraints were used THROUGHOUT. Used all data in the ultimate brief refinement cycle against a standard crystallographic target: R-FACTOR(ALL).
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.2016 Å2 / ksol: 0.382659 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→35.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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