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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p84 | |||||||||
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タイトル | HDBT inhibited Yeast Cytochrome bc1 Complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / cytochrome bc1 complex / complex III / ubiquinol / cytochrome c oxidoreductase / hydroxyquinone / HHDBT / Qo site / phospholipid / membrane protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / : / quinol-cytochrome-c reductase / cellular respiration / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c ...matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / : / quinol-cytochrome-c reductase / cellular respiration / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / proton transmembrane transport / aerobic respiration / nuclear periphery / mitochondrial intermembrane space / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / Positional, B-factor refinement / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Palsdottir, H. / Lojero, C.G. / Trumpower, B.L. / Hunte, C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Structure of the yeast cytochrome bc1 complex with a hydroxyquinone anion Qo site inhibitor bound 著者: Palsdottir, H. / Lojero, C.G. / Trumpower, B.L. / Hunte, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p84.cif.gz | 480.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1p84.ent.gz | 372.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p84.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1p84_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1p84_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1p84_validation.xml.gz | 52.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1p84_validation.cif.gz | 77 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/1p84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/1p84 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1kb9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ... , 6種, 6分子 ABFGHI
#1: タンパク質 | 分子量: 47445.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P07256, quinol-cytochrome-c reductase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 38751.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P07257, quinol-cytochrome-c reductase |
#6: タンパク質 | 分子量: 8854.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P00127, quinol-cytochrome-c reductase |
#7: タンパク質 | 分子量: 14355.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P00128, quinol-cytochrome-c reductase |
#8: タンパク質 | 分子量: 10856.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P08525, quinol-cytochrome-c reductase |
#9: タンパク質 | 分子量: 6301.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P22289, quinol-cytochrome-c reductase |
-タンパク質 , 3種, 3分子 CDE
#3: タンパク質 | 分子量: 43674.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P00163, quinol-cytochrome-c reductase |
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#4: タンパク質 | 分子量: 27521.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P07143, quinol-cytochrome-c reductase |
#5: タンパク質 | 分子量: 20122.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P08067, quinol-cytochrome-c reductase |
-抗体 , 2種, 2分子 JK
#10: 抗体 | 分子量: 14365.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pASK68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 |
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#11: 抗体 | 分子量: 11926.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pASK68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 |
-非ポリマー , 10種, 339分子
#12: 化合物 | #13: 化合物 | ChemComp-UMQ / | #14: 化合物 | #15: 化合物 | ChemComp-DBT / | #16: 化合物 | ChemComp-UQ6 / | #17: 化合物 | #18: 化合物 | ChemComp-PC1 / | #19: 化合物 | ChemComp-CDL / | #20: 化合物 | ChemComp-FES / | #21: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.16 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.93 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 149103 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 50.3 Å2 / Limit h max: 76 / Limit h min: -86 / Limit k max: 66 / Limit k min: -86 / Limit l max: 59 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 315600.93 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 9128 / % possible all: 84.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. measured all: 372220 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84.6 % / Num. unique obs: 9128 / Num. measured obs: 19194 / Rmerge(I) obs: 0.373 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Positional, B-factor refinement 開始モデル: pdb entry 1KB9, protein only 解像度: 2.5→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 31.4444 Å2 / ksol: 0.245901 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 173.4 Å2 / Biso mean: 71.95 Å2 / Biso min: 19.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res high obs: 2.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.41 |