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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p7j | ||||||
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タイトル | Crystal structure of engrailed homeodomain mutant K52E | ||||||
要素 | Segmentation polarity homeobox protein engrailed | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 posterior compartment specification / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation ...posterior compartment specification / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation / wing disc morphogenesis / neuroblast fate determination / imaginal disc-derived wing vein specification / segment polarity determination / ventral midline development / compartment pattern specification / gonad development / RSC-type complex / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / axon guidance / neuron differentiation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Stollar, E.J. / Mayor, U. / Lovell, S.C. / Federici, L. / Freund, S.M. / Fersht, A.R. / Luisi, B.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Crystal Structures of Engrailed Homeodomain Mutants: IMPLICATIONS FOR STABILITY AND DYNAMICS 著者: Stollar, E.J. / Mayor, U. / Lovell, S.C. / Federici, L. / Freund, S.M. / Fersht, A.R. / Luisi, B.F. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994 タイトル: Structural studies of the engrailed homeodomain 著者: Clarke, N.D. / Kissinger, C.R. / Desjarlais, J. / Gilliland, G.L. / Pabo, C.O. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Engrailed Homeodomain-DNA Complex at 2.2 A Resolution: A Detailed View of the Interface and Comparison with other Engrailed Structures 著者: Fraenkel, E. / Rould, M.A. / Chambers, K.A. / Pabo, C.O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p7j.cif.gz | 60 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1p7j.ent.gz | 45.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p7j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1p7j_validation.pdf.gz | 466.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1p7j_full_validation.pdf.gz | 468.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1p7j_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1p7j_validation.cif.gz | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p7j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7223.201 Da / 分子数: 4 / 断片: Homeodomain / 変異: K52E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: EN / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P02836 #2: 化合物 | ChemComp-NHE / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.61 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 30% PEG 3000, 100mM 2-(cyclohexylamino)ethanesulfonic acid (CHES), pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.9779 Å |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9779 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→19.24 Å / Num. obs: 15614 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.154 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 14837 / % possible obs: 98.3 % / Num. measured all: 159036 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90.4 % / Rmerge(I) obs: 0.176 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ENH 解像度: 2.1→19.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 6.624 / SU ML: 0.181 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.292 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.241 / Rfactor Rwork: 0.198 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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