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- PDB-1p74: CRYSTAL STRUCTURE OF SHIKIMATE DEHYDROGENASE (AROE) FROM HAEMOPHI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p74
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF SHIKIMATE DEHYDROGENASE (AROE) FROM HAEMOPHILUS INFLUENZAE
要素Shikimate 5-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Shikimate dehydrogenase / haemophilus influenzae
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / shikimate metabolic process / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shikimate dehydrogenase / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily ...Shikimate dehydrogenase / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Shikimate dehydrogenase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ye, S. / von Delft, F. / Brooun, A. / Knuth, M.W. / Swanson, R.V. / McRee, D.E.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2003
タイトル: The crystal structure of shikimate dehydrogenase (AroE) reveals a unique NADPH binding mode
著者: Ye, S. / von Delft, F. / Brooun, A. / Knuth, M.W. / Swanson, R.V. / McRee, D.E.
履歴
登録2003年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / Experimental preparation / カテゴリ: citation_author / exptl_crystal_grow / Item: _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Shikimate 5-dehydrogenase
B: Shikimate 5-dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5762
ポリマ－59,5762
非ポリマー00
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.220, 86.580, 92.919
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 272 / Label seq-ID: 1 - 272

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Shikimate 5-dehydrogenase


分子量: 29788.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: AROE OR HI0655 / プラスミド: pSX12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: P43876, shikimate dehydrogenase (NADP+)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 1.0 Sodium Citrate, 0.1M CHES, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.0 Msodium citrate1reservoir
20.1 MCHES1reservoirpH8.8
310 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9786, 0.9792, 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月8日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97861
20.97921
30.95371
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 25244 / Num. obs: 25244 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 3603 / Rsym value: 0.253 / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. measured all: 172256
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 9.008 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.441 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27581 1286 5.1 %RANDOM
Rwork0.2281 ---
obs0.2305 23847 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.507 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å20 Å2
2--1.5 Å20 Å2
3----0.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4124 0 0 133 4257
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224200
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5271.9615685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7433529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.91715756
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2620.31942
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.5322
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.340
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2320.510
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7461.52642
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24524211
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3831558
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2964.51474
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2060 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.660.05
tight thermal0.250.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.327 96
Rwork0.25 1680
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8131-1.16330.14832.02861.35885.25230.03490.09820.214-0.1576-0.0884-0.0689-0.4377-0.06150.05350.12610.02850.00250.04040.01290.103211.76379.462484.6002
25.5946-0.30070.95231.420.77934.6849-0.04960.16520.1958-0.14150.0015-0.087-0.31830.07970.04810.10080.0183-0.00590.0038-0.00680.07174.906567.693163.9943
32.3301-0.9132-0.82113.90090.84181.69230.03940.23570.1022-0.1865-0.0205-0.1552-0.0080.0172-0.01890.0904-0.0028-0.00950.08410.01820.03967.65730.901131.2197
45.66850.4888-0.78633.67130.28961.8195-0.03690.33240.2213-0.31950.0484-0.0199-0.2323-0.0003-0.01150.1049-0.00860.01460.022-0.00350.012413.086452.497141.5972
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1021 - 102
2X-RAY DIFFRACTION1AA238 - 272238 - 272
3X-RAY DIFFRACTION2AA103 - 191103 - 191
4X-RAY DIFFRACTION2AA197 - 237197 - 237
5X-RAY DIFFRACTION3BB1 - 1021 - 102
6X-RAY DIFFRACTION3BB238 - 272238 - 272
7X-RAY DIFFRACTION4BB103 - 190103 - 190
8X-RAY DIFFRACTION4BB197 - 237197 - 237
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.276 / Rfactor Rwork: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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