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Yorodumi- PDB-1p74: CRYSTAL STRUCTURE OF SHIKIMATE DEHYDROGENASE (AROE) FROM HAEMOPHI... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1p74 | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF SHIKIMATE DEHYDROGENASE (AROE) FROM HAEMOPHILUS INFLUENZAE | ||||||
Components | Shikimate 5-dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Shikimate dehydrogenase / haemophilus influenzae | ||||||
Function / homology | Function and homology information shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate metabolic process / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NADP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Haemophilus influenzae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Ye, S. / von Delft, F. / Brooun, A. / Knuth, M.W. / Swanson, R.V. / McRee, D.E. | ||||||
Citation | Journal: J.Bacteriol. / Year: 2003 Title: The crystal structure of shikimate dehydrogenase (AroE) reveals a unique NADPH binding mode Authors: Ye, S. / von Delft, F. / Brooun, A. / Knuth, M.W. / Swanson, R.V. / McRee, D.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1p74.cif.gz | 113.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1p74.ent.gz | 88.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1p74.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1p74_validation.pdf.gz | 376.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 1p74_full_validation.pdf.gz | 394.8 KB | Display | |
Data in XML | 1p74_validation.xml.gz | 13.7 KB | Display | |
Data in CIF | 1p74_validation.cif.gz | 21 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p74 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 272 / Label seq-ID: 1 - 272
|
-Components
#1: Protein | Mass: 29788.002 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Haemophilus influenzae (bacteria) / Gene: AROE OR HI0655 / Plasmid: pSX12 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): DL41 References: UniProt: P43876, shikimate dehydrogenase (NADP+) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.41 % | ||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.8 Details: 1.0 Sodium Citrate, 0.1M CHES, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K | ||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 4 ℃ / Method: vapor diffusion, sitting drop | ||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K | ||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 0.9786, 0.9792, 0.9537 | ||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Nov 8, 2001 | ||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. all: 25244 / Num. obs: 25244 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 9.5 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.53 Å / Redundancy: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 3603 / Rsym value: 0.253 / % possible all: 99.1 | ||||||||||||
Reflection | *PLUS Highest resolution: 2.4 Å / Num. measured all: 172256 | ||||||||||||
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 99.1 % |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 9.008 / SU ML: 0.215 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.441 / ESU R Free: 0.285 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.507 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→20 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 2060 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Software | *PLUS Version: 5 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Highest resolution: 2.4 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.276 / Rfactor Rwork: 0.228 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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