PDB-1p4t: Crystal structure of Neisserial surface protein A (NspA)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1p4t

タイトル

Crystal structure of Neisserial surface protein A (NspA)

要素

outer membrane protein NspA

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / beta barrel / outer membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Vandeputte-Rutten, L. / Bos, M.P. / Tommassen, J. / Gros, P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of Neisserial Surface Protein A (NspA), a conserved outer membrane protein with vaccine potential
著者: Vandeputte-Rutten, L. / Bos, M.P. / Tommassen, J. / Gros, P.

履歴

登録	2003年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1p4t.cif.gz	44.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1p4t.ent.gz	32 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1p4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1p4t_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1p4t_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	1p4t_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	1p4t_validation.cif.gz	10.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/1p4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/1p4t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2x32-2 4ryn-d 5qxn-d 1vzj-2 1tjf-1 2x32-1 3lxj-4 5a5q-d 5a5r-d 6tqr-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: outer membrane protein NspA

ヘテロ分子

18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: outer membrane protein NspA

ヘテロ分子

A: outer membrane protein NspA

ヘテロ分子

A: outer membrane protein NspA

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
55.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.372, 97.372, 171.939
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

詳細

NspA is a monomer

#1: タンパク質	outer membrane protein NspA / Neisserial surface protein A / NspA 分子量: 16582.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 遺伝子: nspa / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RP17
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CXE / PENTAETHYLENE GLYCOL MONODECYL ETHER / ペンタエチレングリコ-ルモノデシルエ-テル分子量: 378.544 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₄₂O₆
#4: 化合物	ChemComp-ETA / ETHANOLAMINE / エタノ-ルアミンタイプ: L-peptide COOH carboxy terminus / 分子量: 61.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₇NO
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 4.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.99 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.06% n-decylpentaoxyethylene (c10e5), 12% (w/v) PEG 3000, 0.1 M lithium sulfate, 0.1 M N-(2-acetamido)iminodiacetic acid (ADA), 2% (v/v) isopropanol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	6 mg/ml	protein	1	drop
2	0.06 %(w/v)	C10E5	1	drop
3	12 %(w/v)	PEG3000	1	reservoir
4	0.1 M	lithium sulfate	1	reservoir
5	0.1 M	ADA	1	reservoir	pH6.6
6	2 %(v/v)	isopropanol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月4日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→40 Å / Num. all: 10503 / Num. obs: 10350 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): -3.7 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 69.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 1029 / R_sym value: 0.375 / % possible all: 99.7
反射	PLUS Num. measured all: 125566 / R_merge(I) obs*: 0.07
反射シェル	PLUS % possible obs: 99.7 % / Num. unique obs: 1029 / Num. measured obs*: 8944

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.55→30.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 6.572 / SU ML: 0.148 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25791	501	4.8 %	RANDOM
R_work	0.22514	-	-	-
obs	0.22664	10340	100 %	-
all	-	10340	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.103 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4 Å²	-0.2 Å²	0 Å²
2-	-	-0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→30.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1161	0	92	9	1262

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.739	2.03	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.796	3	2957
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.318	5	154
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	270
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	1365
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	931
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.123	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.184	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.094	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.684	1.5	767
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.351	2	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.018	3	559
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.33	4.5	528

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.452	39
R_work	0.236	694

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 37.149 Å / Origin y: 16.983 Å / Origin z: 33.008 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0567 Å²	-0.0422 Å²	-0.0747 Å²	-	0.196 Å²	-0.0503 Å²	-	-	0.1666 Å²
L	3.3852 °²	1.0316 °²	-0.6774 °²	-	3.8066 °²	-0.5308 °²	-	-	5.274 °²
S	0.1487 Å °	-0.1624 Å °	-0.1803 Å °	0.1476 Å °	-0.0737 Å °	0.0617 Å °	0.2167 Å °	-0.2243 Å °	-0.075 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 155	1 - 155
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C - G	157 - 500

精密化

*PLUS

最低解像度: 30 Å / R_factor R_free: 0.258 / R_factor R_work: 0.222

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.77

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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