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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p42 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Aquifex aeolicus LpxC Deacetylase (Zinc-Inhibited Form) | ||||||
![]() | UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / alpha+beta fold / hydrophobic tunnel | ||||||
機能・相同性 | ![]() UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase activity / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Whittington, D.A. / Rusche, K.M. / Shin, H. / Fierke, C.A. / Christianson, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of LpxC, a Zinc-Dependent Deacetylase Essential for Endotoxin Biosynthesis 著者: Whittington, D.A. / Rusche, K.M. / Shin, H. / Fierke, C.A. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | sequence The residue numbering scheme for this structure follows that of the E. coli enzyme. This ...sequence The residue numbering scheme for this structure follows that of the E. coli enzyme. This treatment results in a break in the sequential numbering in a couple of places. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 129.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30858.314 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residue 2-271 / 変異: C193A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O67648, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.82 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: NaCl, HEPES, ZnSO4, magnesium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 98 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月13日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 97874 / Num. obs: 97852 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 19 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 9760 / % possible all: 100 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 497657 / Rmerge(I) obs: 0.059 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME, BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.9337 Å2 / ksol: 0.385119 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.47 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 92811 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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