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万見
- PDB-1p3d: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramic acid:L-alanine ligase (M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p3d
タイトルCrystal Structure of UDP-N-acetylmuramic acid:L-alanine ligase (MurC) in Complex with UMA and ANP.
要素UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase
キーワードLIGASE / alpha/beta protein
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / : / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central ...UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / : / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE / UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Mol, C.D. / Brooun, A. / Dougan, D.R. / Hilgers, M.T. / Tari, L.W. / Wijnands, R.A. / Knuth, M.W. / McRee, D.E. / Swanson, R.V.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structures of Active Fully Assembled Substrate- and Product-Bound Complexes of UDP-N-Acetylmuramic Acid:L-Alanine Ligase (MurC) from Haemophilus influenzae.
著者: Mol, C.D. / Brooun, A. / Dougan, D.R. / Hilgers, M.T. / Tari, L.W. / Wijnands, R.A. / Knuth, M.W. / McRee, D.E. / Swanson, R.V.
履歴
登録2003年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase
B: UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,25410
ポリマ－105,5212
非ポリマー2,7338
水14,250791
1
A: UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1275
ポリマ－52,7611
非ポリマー1,3674
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1275
ポリマ－52,7611
非ポリマー1,3674
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.920, 87.328, 86.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase


分子量: 52760.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: MURC / プラスミド: pSX29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41
参照: UniProt: P45066, UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-UMA / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE / UDP-N-アセチルムラモイル-L-アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 750.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H36N4O20P2
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 791 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, isopropanol, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
114 mg/mlprotein1drop
25 mMUNAM1drop
35 mMAla1drop
45 mMMn2+1drop
55 mMAMP-PNP1drop
620 %PEG40001reservoir
710 %isopropanol1reservoir
8100 mMHEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月30日
放射モノクロメーター: Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→25 Å / Num. all: 117454 / Num. obs: 113461 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.31 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique all: 10574 / % possible all: 90.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 488589
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.5 % / Rmerge(I) obs: 0.54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P31

1p31


解像度: 1.7→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.899 / SU ML: 0.062 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19436 5691 5 %RANDOM
Rwork0.16822 ---
all0.16953 107740 --
obs0.16953 107740 96.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.505 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.46 Å20 Å2-0.44 Å2
2--1.4 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7099 0 164 791 8054
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0217390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1291.97710034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.465921
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025515
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.23777
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0940.2796
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1250.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3331.54578
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.64227360
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.37732812
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1074.52674
LS精密化 シェル解像度: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.262 378
Rwork0.244 7178
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2953-0.64770.08781.8397-0.40812.4143-0.0043-0.35350.0190.1329-0.0302-0.26610.03360.51050.03440.08570.0098-0.00160.3012-0.00420.139623.656-1.44461.374
21.41920.18270.08151.12480.04142.5431-0.02490.09150.044-0.25090.03360.1047-0.17280.0185-0.00880.16010.0023-0.00420.0842-0.01170.08939.5253.84437.948
32.6549-0.18880.02422.69220.37553.16980.12980.5243-0.056-0.26450.1374-0.3661-0.20850.9315-0.26730.213-0.00810.080.5276-0.13470.166933.676-4.99728.776
45.18810.4720.3412.187-0.32332.16580.01790.5250.1779-0.22250.09760.3875-0.0236-0.3295-0.11540.09860.028-0.01070.19220.04090.1826-18.54389.29454.839
51.4338-0.0022-0.53760.8487-0.01661.77140.0039-0.1185-0.08710.1368-0.0224-0.0120.06410.27650.01860.09750.01620.02080.03790.010.111-4.41883.4877.884
62.03680.637-0.73082.4521-0.08071.68640.0722-0.02190.18840.137-0.03650.3507-0.0155-0.1446-0.03570.14760.01930.08080.00260.0130.2094-29.43974.33983.528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA11 - 11811 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2AA119 - 324119 - 324
3X-RAY DIFFRACTION3AA325 - 473325 - 473
4X-RAY DIFFRACTION4BB14 - 11814 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5BB119 - 324119 - 324
6X-RAY DIFFRACTION6BB325 - 473325 - 473
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.194 / Rfactor Rwork: 0.168
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.13
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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