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- PDB-1p31: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramic acid:L-alanine Ligase (M... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1p31 | ||||||
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Title | Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramic acid:L-alanine Ligase (MurC) from Haemophilus influenzae | ||||||
![]() | UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase | ||||||
![]() | LIGASE / alpha/beta protein | ||||||
Function / homology | ![]() UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mol, C.D. / Brooun, A. / Dougan, D.R. / Hilgers, M.T. / Tari, L.W. / Wijnands, R.A. / Knuth, M.W. / McRee, D.E. / Swanson, R.V. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structures of Active Fully Assembled Substrate- and Product-Bound Complexes of UDP-N-Acetylmuramic Acid:L-Alanine Ligase (MurC) from Haemophilus influenzae. Authors: Mol, C.D. / Brooun, A. / Dougan, D.R. / Hilgers, M.T. / Tari, L.W. / Wijnands, R.A. / Knuth, M.W. / McRee, D.E. / Swanson, R.V. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 201.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 169.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 41.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 61.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 52760.590 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P45066, UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.96 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: nanovolume / pH: 8.1 Details: PEG 4000, glycerol, magnesium chloride, Tris, pH 8.1, nanovolume, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 4 ℃ / pH: 7.9 / Method: vapor diffusion, sitting drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Jul 31, 2002 |
Radiation | Monochromator: Si crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→25 Å / Num. all: 86600 / Num. obs: 77944 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.45 % / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 10.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.89 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 5314 / % possible all: 93 |
Reflection | *PLUS % possible obs: 90 % / Num. measured all: 347154 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 93 % |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.859 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Lowest resolution: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.208 / Rfactor Rwork: 0.169 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Highest resolution: 1.85 Å / Lowest resolution: 1.9 Å |