PDB-1p0r: Solution Structure of UBL5 a human Ubiquitin-Like Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1p0r

タイトル

Solution Structure of UBL5 a human Ubiquitin-Like Protein

要素

ubiquitin-like 5

キーワード

PROTEIN BINDING / Ubiquitin-like fold

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Cajal body / mRNA Splicing - Major Pathway / protein modification process / mRNA splicing, via spliceosome / protein tag activity / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model type details

minimized average

データ登録者

McNally, T. / Huang, Q. / Janis, R.S. / Liu, Z. / Olejniczak, E.T. / Reilly, R.M.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: Structural analysis of UBL5, a novel ubiquitin-like modifier
著者: McNally, T. / Huang, Q. / Janis, R.S. / Liu, Z. / Olejniczak, E.T. / Reilly, R.M.

履歴

登録	2003年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1p0r.cif.gz	37.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1p0r.ent.gz	25.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1p0r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1p0r_validation.pdf.gz	246.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1p0r_full_validation.pdf.gz	245.9 KB	表示
XML形式データ	1p0r_validation.xml.gz	2.9 KB	表示
CIF形式データ	1p0r_validation.cif.gz	3.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/1p0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/1p0r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5nl5-1 2rji-2 5nlf-1 1fxi-3 1acp-d 4z89-5 3rl7-5 5x3p-3 5a7l-d 4gsw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ubiquitin-like 5

10.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / -
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: タンパク質	ubiquitin-like 5 分子量: 10732.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pet15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BZL1

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	2	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	.5mM UBL5 U-15N,13C 50mM sodium phosphate (pH 5.7), 2mM Dtt	90% H2O/10% D2O
2	1.0mM UBL5 U-15N,13C 50mM sodium phosphate (pH 5.7), 2mM Dtt	100% D2O

試料状態

イオン強度: 50mM sodium phosphate / pH: 5.7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2

-
解析

NMR software	名称: CNX / バージョン: 2000 / 開発者: Brunger, A.T. / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: Based on 952 NMR-derived distance and torsion angle restraints.
代表構造	選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル	登録したコンフォーマーの数: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

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