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万見
- PDB-1ozo: Three-dimensional solution structure of apo-S100P protein determi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ozo
タイトルThree-dimensional solution structure of apo-S100P protein determined by NMR spectroscopy
要素S-100P protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-hand / s100 protein
機能・相同性
機能・相同性情報


RAGE receptor binding / S100 protein binding / microvillus membrane / transition metal ion binding / endothelial cell migration / : / sarcoplasmic reticulum / calcium-dependent protein binding / secretory granule lumen / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction ...RAGE receptor binding / S100 protein binding / microvillus membrane / transition metal ion binding / endothelial cell migration / : / sarcoplasmic reticulum / calcium-dependent protein binding / secretory granule lumen / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cadherin binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
S-100 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. ...S-100 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing
データ登録者Lee, Y.-C. / Volk, D.E. / Thiviyanathan, V. / Kleerekoper, Q. / Gribenko, A.V. / Zhang, S. / Gorenstein, D.G. / Makhatadze, G.I. / Luxon, B.A.
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2004
タイトル: NMR structure of the Apo-S100P protein.
著者: Lee, Y.-C. / Volk, D.E. / Thiviyanathan, V. / Kleerekoper, Q. / Gribenko, A.V. / Zhang, S. / Gorenstein, D.G. / Makhatadze, G.I. / Luxon, B.A.
履歴
登録2003年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-100P protein
B: S-100P protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7922
ポリマ－20,7922
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 50structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #15fewest violations,lowest energy

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要素

#1: タンパク質 S-100P protein


分子量: 10395.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100P OR S100E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25815

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

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試料調製

詳細内容: 2.5-3 mM S100P 15N/13C; 20 mM Tris-d6 buffer, 100mM KCl, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS7501
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix98MSI解析
Amber6/7David A. Case, David A. Pearlman, James W. Caldwell, Thomas E. Cheatham III, Junmei Wang, Wilson S.Ross, Carlos Simmerling, Tom Darden, Kenneth M. Merz, Robert V. Stanton, Ailan Cheng, James J.Vincent, Mike Crowley, Vickie Tsui, Holger Gohlke, Randall Radmer, Yong Duan, Jed Pitera, IrinaMassova, George L. Seibel, U. Chandra Singh, Paul Weiner, and Peter A. Kollman構造決定
DIAMDXu, Braun構造決定
DIAMDXu, Braun精密化
精密化手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 3344 restraints, 3104 are NOE-derived distance constraints, 122 CSI-based torsional angle restraints
代表構造選択基準: fewest violations,lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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