[日本語] English
万見
- PDB-1vak: T=1 capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deleti... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vak
タイトルT=1 capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant CP-N(delta)65
要素coat protein
キーワードVIRUS / T=1 Capsid / SeMV / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature. / Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sesbania mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Sangita, V. / Lokesh, G.L. / Satheshkumer, P.S. / Vijay, C.S. / Saravanan, V. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: T=1 capsid structures of Sesbania mosaic virus coat protein mutants: determinants of T=3 and T=1 capsid assembly
著者: Sangita, V. / Lokesh, G.L. / Satheshkumar, P.S. / Vijay, C.S. / Saravanan, V. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.
履歴
登録2004年2月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5112
ポリマ－21,4711
非ポリマー401
水1,910106
1
A: coat protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,290,677120
ポリマ－1,288,27360
非ポリマー2,40560
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: coat protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 108 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,55610
ポリマ－107,3565
非ポリマー2005
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: coat protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 129 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,06812
ポリマ－128,8276
非ポリマー2406
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: coat protein
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.29 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,290,677120
ポリマ－1,288,27360
非ポリマー2,40560
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)188.239, 193.954, 269.054
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.46213991, -0.5176399, 0.72005252), (0.85017876, 0.48956165, -0.19371489), (-0.25223554, 0.70169675, 0.66633243)-26.48506, -22.77588, 33.52765
3generate(-0.40813599, 0.01261981, 0.91283391), (0.85797824, -0.33634495, 0.38825947), (0.31192684, 0.9416543, 0.12644696)-2.79349, -62.93792, 46.56692
4generate(-0.40813599, 0.85797824, 0.31192684), (0.01261981, -0.33634495, 0.9416543), (0.91283391, 0.38825947, 0.12644696)38.33377, -64.98354, 21.09799
5generate(0.46213991, 0.85017877, -0.25223554), (-0.5176399, 0.48956165, 0.70169675), (0.72005252, -0.19371489, 0.66633243)40.06024, -26.08577, -7.68195
6generate(-0.40655063, -0.01855047, 0.91343991), (-0.01855047, -0.99942014, -0.02855297), (0.91343991, -0.02855297, 0.40597077)-2.90206, 2.7477, 1.94123
7generate(-0.4340565, 0.84232304, 0.31951033), (-0.85105662, -0.49971083, 0.16121948), (0.29546165, -0.20194301, 0.93376733)38.91346, 25.04437, -7.98972
8generate(0.43493847, 0.86125338, -0.2628139), (-0.85881605, 0.30902879, -0.40857827), (-0.27067235, 0.4034152, 0.87406673)41.93725, 64.37132, 20.09142
9generate(0.99951277, 0.01207946, -0.02878049), (-0.0311055, 0.30914806, -0.95050509), (-0.00258415, 0.9509372, 0.30937317)1.99055, 66.38004, 47.37746
10generate(0.4794439, -0.53166922, 0.69818435), (0.48820719, -0.49951785, -0.71563654), (0.72923747, 0.68396619, 0.02007395)-25.72167, 28.29455, 36.16003
11generate(-0.99960637, 0.02805353, 0.00031399), (0.02805353, 0.99935591, 0.02237765), (0.00031399, 0.02237765, -0.99974954)84.73651, -2.72079, 136.86328
12generate(-0.43818668, 0.5313904, -0.72499426), (0.85695139, 0.49042703, -0.15847915), (0.27134248, -0.69072829, -0.67027434)110.58272, -25.47473, 102.82604
13generate(0.4321426, -0.02175484, -0.90154284), (0.85295616, -0.31470227, 0.4164472), (-0.29277732, -0.9489411, -0.11744033)85.77789, -64.65448, 88.89874
14generate(0.40861599, -0.86695427, -0.28534762), (0.02158911, -0.30337066, 0.95262802), (-0.91245103, -0.39541944, -0.10524533)44.60144, -66.11496, 114.32843
15generate(-0.47625354, -0.836171, 0.27203055), (-0.48822875, 0.50876196, 0.70907965), (-0.73131064, 0.20488856, -0.65054241)43.95783, -27.83784, 143.97215
16generate(0.406157, -0.00950306, -0.91375389), (-0.00950306, -0.99993578, 0.00617531), (-0.91375389, 0.00617531, -0.40622123)87.71511, -0.01284, 134.98311
17generate(0.41010327, -0.85607354, -0.31456859), (-0.85607354, -0.48027785, 0.19097456), (-0.31456859, 0.19097456, -0.92982542)46.53844, 23.22031, 145.42365
18generate(-0.45894508, -0.85211835, 0.25152283), (-0.85211835, 0.34201843, -0.3961284), (0.25152283, -0.3961284, -0.88307336)44.62791, 63.23515, 118.23054
19generate(-0.99999276, -0.00310343, 0.00220127), (-0.00310343, 0.33056755, -0.94377723), (0.00220127, -0.94377723, -0.33057479)84.62382, 64.73253, 90.98374
20generate(-0.46533027, 0.51766146, -0.71797935), (0.51766146, -0.49880576, -0.69513986), (-0.71797935, -0.69513986, -0.03586397)111.25317, 25.64313, 101.3374
21generate(0.47615546, 0.53027976, 0.70148368), (0.83503706, -0.02259397, -0.54972959), (-0.27566118, 0.84752161, -0.4535615)-25.81185, 2.23584, 111.17336
22generate(0.49394392, 0.50535639, 0.70755518), (0.50535639, -0.8290531, 0.23934468), (0.70755518, 0.23934468, -0.66489082)-26.98134, -37.79671, 83.96436
23generate(0.4794439, 0.48820719, 0.72923747), (-0.53166922, -0.49951785, 0.68396619), (0.69818435, -0.71563654, 0.02007395)-27.85075, -24.27402, 37.48121
24generate(0.45269394, 0.50253178, 0.73656636), (-0.84290562, 0.51060527, 0.16968313), (-0.2908235, -0.69767045, 0.65473478)-27.21858, 24.11601, 35.96204
25generate(0.45066157, 0.52853406, 0.71941358), (0.00176531, 0.80536044, -0.59278279), (-0.89269313, 0.26841441, 0.36201197)-25.95847, 40.5, 81.50629
26generate(0.43734494, -0.55883462, 0.70458021), (-0.84121066, 0.02278694, 0.54022716), (-0.31795287, -0.82896599, -0.46013189)-24.37489, -1.31671, 113.42162
27generate(-0.45071495, -0.00556955, 0.89265056), (-0.50564853, 0.82567545, -0.25015916), (-0.73564638, -0.56411792, -0.37496051)0.39287, 38.55636, 125.29591
28generate(-0.43818668, 0.85695139, 0.27134248), (0.5313904, 0.49042703, -0.69072829), (-0.72499426, -0.15847915, -0.67027434)42.38541, 24.75575, 145.05628
29generate(0.4576161, 0.83675358, -0.30071738), (0.83675358, -0.5196564, -0.17262868), (-0.30071738, -0.17262868, -0.9379597)43.57047, -23.64656, 145.39457
30generate(0.99872441, -0.03825029, -0.03296174), (-0.01156052, -0.80867387, 0.58814363), (-0.04915196, -0.58701234, -0.80808452)2.31033, -39.76023, 125.84328
31generate(-0.46087156, 0.55899362, -0.68929206), (-0.83551482, -0.01145533, 0.5493485), (0.29918623, 0.82909282, 0.47232689)109.10047, -2.18235, 23.43295
32generate(0.43612132, 0.02855335, -0.89943477), (-0.53442904, 0.81236377, -0.23334677), (0.72400538, 0.58245156, 0.3695489)85.46477, 38.62558, 12.46168
33generate(0.45269394, -0.84290562, -0.2908235), (0.50253178, 0.51060527, -0.69767045), (0.73656636, 0.16968313, 0.65473478)43.10781, 26.45409, -7.58939
34generate(-0.4340565, -0.85105662, 0.29546165), (0.84232304, -0.49971083, -0.20194301), (0.31951033, 0.16121948, 0.93376733)40.56547, -21.87623, -9.01036
35generate(-0.99867103, 0.01536476, 0.04919454), (0.01536476, -0.82236203, 0.56875708), (0.04919454, 0.56875708, 0.82103306)81.35118, -39.57452, 10.1625
36generate(-0.45262885, -0.53043876, -0.71677182), (0.84168842, 0.01126235, -0.53984606), (0.29442781, -0.84764844, 0.44136649)110.63583, 1.27729, 25.75969
37generate(-0.4793503, -0.52834018, -0.70077097), (0.53472119, -0.80898612, 0.24416124), (-0.69591418, -0.25767832, 0.67030242)110.67326, -39.37115, 52.06567
38generate(-0.49395116, -0.50225296, -0.70975645), (-0.50225296, -0.50151445, 0.70443255), (-0.70975645, 0.70443255, -0.00453439)111.90709, -26.92175, 98.83952
39generate(-0.47625354, -0.48822875, -0.73131064), (-0.836171, 0.50876196, 0.20488856), (0.27203055, 0.70907965, -0.65054241)112.6322, 21.42085, 101.44136
40generate(-0.45071495, -0.50564853, -0.73564638), (-0.00556955, 0.82567545, -0.56411792), (0.89265056, -0.25015916, -0.37496051)111.84652, 38.84882, 56.27554
41generate(0.47615546, 0.83503706, -0.27566118), (0.53027976, -0.02259397, 0.84752161), (0.70148368, -0.54972959, -0.4535615)41.06962, -80.48381, 69.75966
42generate(0.99951277, -0.0311055, -0.00258415), (0.01207946, 0.30914806, 0.9509372), (-0.02878049, -0.95050509, 0.30937317)0.19764, -65.59829, 48.49454
43generate(0.43612132, -0.53442904, 0.72400538), (0.02855335, 0.81236377, 0.58245156), (-0.89943477, -0.23334677, 0.3695489)-25.6527, -41.07665, 81.27794
44generate(-0.43543104, 0.02064246, 0.89998539), (0.55693508, 0.79162616, 0.25129931), (-0.70726454, 0.61065695, -0.35619511)-0.75711, -40.80695, 122.80431
45generate(-0.41068858, 0.86701906, 0.28215747), (0.86701906, 0.2755939, 0.41512162), (0.28215747, 0.41512162, -0.86490531)40.47955, -65.16192, 115.68562
46generate(-0.46087156, -0.83551482, 0.29918623), (0.55899362, -0.01145533, 0.82909282), (-0.68929206, 0.5493485, 0.47232689)41.4471, -80.43956, 65.33295
47generate(-0.9987895, 0.0394675, 0.02935742), (0.0394675, 0.28680624, 0.95717527), (0.02935742, 0.95717527, -0.28801675)82.71391, -67.1861, 86.91301
48generate(-0.43543104, 0.55693508, -0.70726454), (0.02064246, 0.79162616, 0.61065695), (0.89998539, 0.25129931, -0.35619511)109.25229, -42.67183, 54.67844
49generate(0.45066157, 0.00176531, -0.89269313), (0.52853406, 0.80536044, 0.26841441), (0.71941358, -0.59278279, 0.36201197)84.3871, -40.77463, 13.17633
50generate(0.43493847, -0.85881605, -0.27067235), (0.86125338, 0.30902879, 0.4034152), (-0.2628139, -0.40857827, 0.87406673)42.48119, -64.11637, 19.76118
51generate(-0.45262885, 0.84168842, 0.29442781), (-0.53043876, 0.01126235, -0.84764844), (-0.71677182, -0.53984606, 0.44136649)41.41751, 80.50631, 68.62072
52generate(0.4321426, 0.85295616, -0.29277732), (-0.02175484, -0.31470227, -0.9489411), (-0.90154284, 0.4164472, -0.11744033)44.10669, 65.87884, 114.69792
53generate(0.99872441, -0.01156052, -0.04915196), (-0.03825029, -0.80867387, -0.58701234), (-0.03296174, 0.58814363, -0.80808452)3.41841, 41.80687, 125.15288
54generate(0.46411977, -0.55712896, 0.68862193), (-0.55712896, -0.78800048, -0.26203541), (0.68862193, -0.26203541, -0.67611928)-24.41751, 41.55705, 85.53721
55generate(-0.43286587, -0.02979212, 0.90096591), (-0.86131816, -0.28125203, -0.42311738), (0.26600405, -0.95917137, 0.09608391)-0.93278, 65.47461, 50.59841
56generate(0.43734494, -0.84121066, -0.31795287), (-0.55883462, 0.02278694, -0.82896599), (0.70458021, 0.54022716, -0.46013189)45.61533, 80.43114, 70.07429
57generate(-0.43286587, -0.86131816, 0.26600405), (-0.02979212, -0.28125203, -0.95917137), (0.90096591, -0.42311738, 0.09608391)42.53132, 66.91963, 23.68215
58generate(-0.99941469, -0.01094552, 0.03241112), (-0.01094552, -0.79531605, -0.60609617), (0.03241112, -0.60609617, 0.79473074)82.53157, 41.95567, 12.67835
59generate(-0.4793503, 0.53472119, -0.69591418), (-0.52834018, -0.80898612, -0.25767832), (-0.70077097, 0.24416124, 0.67030242)110.33709, 40.03861, 52.26977
60generate(0.40861599, 0.02158911, -0.91245103), (-0.86695427, -0.30337066, -0.39541944), (-0.28534762, 0.95262803, -0.10524533)87.5216, 63.81775, 87.74241

-
要素

#1: タンパク質 coat protein


分子量: 21471.213 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 66-268 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sesbania mosaic virus (ウイルス) / 属: Sobemovirus / プラスミド: pRSET C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EB06
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, magnesium chloride, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年7月10日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→20 Å / Num. all: 1386733 / Num. obs: 348643 / % possible obs: 53 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.082
反射 シェル解像度: 3.05→3.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.122 / Num. unique all: 34159 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
GLRF位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 274821.08 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 34232 10 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 341343 93.4 %-
all-375575 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 14.0119 Å2 / ksol: 0.311354 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 11.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.11 Å20 Å2-3.06 Å2
2--3.46 Å20 Å2
3----1.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1454 0 1 106 1561
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.52.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 5403 10 %
Rwork0.286 48762 -
obs-48762 89.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る